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- PDB-8xvw: Crystal structure of N-terminal deletion mutant of Staphylococcal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xvw
タイトルCrystal structure of N-terminal deletion mutant of Staphylococcal Thiol Peroxidase
要素Thiol peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxin / Staphylococcus aureus / Anti-oxidative defense
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
Thiol peroxidase Tpx / Thiol peroxidase conserved site / Tpx family signature. / : / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / Thiol peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shukla, M. / Maji, S. / Yadav, V.K. / Das, A.K. / Bhattacharyya, S.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)SRG/2020/001353 インド
Other governmentI/SEED/SUB/20200005 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of N-terminal deletion mutant of Staphylococcal Thiol Peroxidase
著者: Shukla, M. / Maji, S. / Yadav, V.K. / Das, A.K. / Bhattacharyya, S.
履歴
登録2024年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol peroxidase
B: Thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,57713
ポリマ－32,8192
非ポリマー1,75811
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.273, 72.861, 148.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 16 through 58 or resid 60 through 68 or resid 70 through 164))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 16 through 58 or resid 60 through 68 or resid 70 through 164))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLNGLNGLYGLYAA16 - 581 - 43
d_12CYSCYSASNASNAA60 - 6845 - 53
d_13ASPASPILEILEAA70 - 16455 - 149
d_21GLNGLNGLYGLYBB16 - 581 - 43
d_22CYSCYSASNASNBB60 - 6845 - 53
d_23ASPASPILEILEBB70 - 16455 - 149

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.880205829227, -0.435155896985, 0.189412363679), (-0.459413436488, 0.681124184011, -0.570095729092), (0.119067176708, -0.588820168876, -0.799445943236)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.880205829227, -0.435155896985, 0.189412363679), (-0.459413436488, 0.681124184011, -0.570095729092), (0.119067176708, -0.588820168876, -0.799445943236)
ベクター: 15.1373970005, -10.5223562067, -42.1743805671)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thiol peroxidase / Tpx / Peroxiredoxin tpx / Prx / Thioredoxin peroxidase / Thioredoxin-dependent peroxiredoxin


分子量: 16409.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: tpx / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: Q2FXL3, thioredoxin-dependent peroxiredoxin

-
非ポリマー , 5種, 396分子

#2: 化合物 ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL


分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.99 % / 解説: Orthorhombic
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG400, Ammonium Sulfate, HEPES / Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2023年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.14 Å / Num. obs: 38875 / % possible obs: 99.08 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 18.57 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 27.48
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.9 % / Num. unique obs: 3585 / CC1/2: 0.884 / % possible all: 93.41

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.14 Å / SU ML: 0.1272 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.786
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1893 1945 5 %
Rwork0.1562 36926 -
obs0.1579 38871 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2308 0 110 385 2803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01972459
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.67113306
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1263376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013424
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9112364
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.757068902984 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.850.26121210.20082366X-RAY DIFFRACTION91.1
1.85-1.90.22751310.18512622X-RAY DIFFRACTION99.31
1.9-1.950.22961580.19012569X-RAY DIFFRACTION99.56
1.95-2.020.18641420.15862641X-RAY DIFFRACTION99.68
2.02-2.090.19431530.14272576X-RAY DIFFRACTION99.82
2.09-2.170.18531180.15632643X-RAY DIFFRACTION99.89
2.17-2.270.21111290.16742637X-RAY DIFFRACTION99.86
2.27-2.390.19011350.15462662X-RAY DIFFRACTION99.93
2.39-2.540.18621310.15542632X-RAY DIFFRACTION99.96
2.54-2.740.20421300.16162686X-RAY DIFFRACTION99.86
2.74-3.010.21251510.16822632X-RAY DIFFRACTION99.89
3.01-3.440.18031390.15072705X-RAY DIFFRACTION100
3.44-4.330.16691540.12832704X-RAY DIFFRACTION99.93
4.33-19.140.16681530.15942851X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89743750606-0.0115280874214-0.5178998654331.341716441420.1078434598312.768905832210.00617000277226-0.0694489475255-0.0038367401720.0382914558450.0125879688455-0.0293882894230.02665883915770.0391686226615-0.009977227408450.06402095435360.00234171387342-0.00569021937850.0752209909619-0.003213683700340.0761804551455-4.22919.331-14.238
21.74104558446-0.224928336024-0.6990680066782.237723077060.6517686868233.064012821580.05102850602640.116716235410.0900810973968-0.400409610321-0.00680555055461-0.216688638649-0.145565762970.181689940213-0.03545778365590.1755133937330.01232454137020.04211165478690.134055108261-0.01455226745450.1257770159587.73112.246-42.573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 16:164 OR RESID 401:407 ) )A16 - 164
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 16:164 OR RESID 401:407 ) )A401 - 407
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 16:164 OR RESID 201:202 ) )B16 - 164
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 16:164 OR RESID 201:202 ) )B201 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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