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- PDB-8xvf: Globular domain of Trichinella spiralis calreticulin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xvf
タイトルGlobular domain of Trichinella spiralis calreticulin
要素Calreticulin
キーワードCHAPERONE / Calcium binding domain / complement inhibiting protein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stimulus / unfolded protein binding / protein folding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
Calreticulin/calnexin / Calreticulin/calnexin, P domain superfamily / Calreticulin/calnexin, conserved site / Calreticulin family / Calreticulin family signature 1. / Calreticulin family signature 2. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Trichinella spiralis (せんもうちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Zhu, X.P. / Jia, Z.H. / Yu, W.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81672042 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82202549 中国
Other government7214213 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: structure of globular domain of Trichinella spiralis calreticulin at 2.76 Angstroms resolution.
著者: Zhu, X.P. / Jia, Z.H. / Yu, W.
履歴
登録2024年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Calreticulin
B: Calreticulin
C: Calreticulin
D: Calreticulin
E: Calreticulin
F: Calreticulin
G: Calreticulin
H: Calreticulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,90816
ポリマ－253,5878
非ポリマー3218
水7,152397
1
A: Calreticulin
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 31.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7382
ポリマ－31,6981
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Calreticulin
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 31.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7382
ポリマ－31,6981
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Calreticulin
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 31.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7382
ポリマ－31,6981
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Calreticulin
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 31.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7382
ポリマ－31,6981
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Calreticulin
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 31.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7382
ポリマ－31,6981
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Calreticulin
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 31.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7382
ポリマ－31,6981
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Calreticulin
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 31.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7382
ポリマ－31,6981
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Calreticulin
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 31.7 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7382
ポリマ－31,6981
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.516, 154.074, 100.781
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.320, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"
d_7ens_1chain "G"
d_8ens_1chain "H"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 21 - 363 / Label seq-ID: 22 - 272

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB
d_3CC
d_4DD
d_5EE
d_6FF
d_7GG
d_8HH

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999986661292, 0.00288373475075, -0.00428501011204), (0.00501401505188, -0.342865688682, 0.93937105511), (0.00123971401239, -0.939380010219, -0.342875574386)11.3069928407, -69.7816174316, 4.90750700347
2given(0.679499269465, -0.484906788141, 0.550587095391), (0.427320585136, -0.348449557727, -0.834254171844), (0.596387340841, 0.802152300087, -0.0295605674757)-4.30071004416, -64.038616929, 18.1268672111
3given(0.67823245003, -0.481994389521, 0.55469104211), (-0.410803880319, 0.37717945469, 0.830045679993), (-0.609295425587, -0.790833147655, 0.0578101801481)-45.9594398749, -66.099339258, 8.77071929956
4given(-0.999994022538, -0.00216759320706, 0.00269377571843), (-0.0033251880113, 0.389371693308, -0.921074713351), (0.000947635278976, -0.921078164973, -0.389376573508)30.5932841812, 16.4583956029, -21.4642424172
5given(-0.680253111733, 0.48749656583, -0.547359847158), (0.714915745508, 0.606036308615, -0.348734095645), (0.161713267241, -0.628543626922, -0.760777055551)56.9260887083, -81.7405878316, -1.68463795081
6given(-0.999942975016, -0.0101624358009, 0.00328201396371), (0.00999890927307, -0.998868472535, -0.0464951221977), (0.00375080396916, -0.0464596542542, 0.99891312535)41.2591499396, -52.4498150559, 27.3762790927
7given(-0.671594178944, 0.487704252118, -0.55776860908), (-0.715853406525, -0.621271198889, 0.318709895984), (-0.191089401002, 0.613324269777, 0.766366870974)15.0578741814, -47.6742102563, 29.6454663425

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要素

#1: タンパク質
Calreticulin


分子量: 31698.381 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichinella spiralis (せんもうちゅう)
株: DH5a / 遺伝子: CALR, T01_9409 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0V1BA72
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 30% w/v polyethylene glycol 4000, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→81.28 Å / Num. obs: 60804 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 34.88 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.76→2.864 Å / Num. unique obs: 6140 / CC1/2: 0.983

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.76→73.43 Å / SU ML: 0.3822 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.8254
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 2000 3.29 %
Rwork0.194 58766 -
obs0.1956 60766 98.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→73.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16488 0 8 397 16893
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011216920
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.585922880
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.10362336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01932976
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.39712176
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.729328491868
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.776082244263
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.83026986649
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.723481437501
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.799249387002
ens_1d_7AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.65636160792
ens_1d_8AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.83197911678
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.76-2.830.33031440.27384225X-RAY DIFFRACTION98.78
2.83-2.910.3351420.28154193X-RAY DIFFRACTION98.86
2.91-30.34251440.26744215X-RAY DIFFRACTION98.98
3-3.090.32871450.25054279X-RAY DIFFRACTION99.86
3.09-3.20.31211450.23864250X-RAY DIFFRACTION99.95
3.2-3.330.26411440.22224233X-RAY DIFFRACTION99.91
3.33-3.480.26891460.21074277X-RAY DIFFRACTION99.77
3.48-3.640.2771270.19733734X-RAY DIFFRACTION99.66
3.68-3.90.2191350.18313993X-RAY DIFFRACTION98.4
3.9-4.20.19631460.15974282X-RAY DIFFRACTION99.86
4.2-4.620.18181450.13984236X-RAY DIFFRACTION99.57
4.62-5.290.19061450.1494262X-RAY DIFFRACTION99.66
5.29-6.660.22141460.18114288X-RAY DIFFRACTION99.84
6.66-73.430.20411460.17584299X-RAY DIFFRACTION98.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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