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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xva | ||||||
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タイトル | Human TOM complex with whole Tom20 | ||||||
![]() | (Mitochondrial import receptor subunit ...) x 6 | ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / mitochondria / transport / membrane protein complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA import into mitochondrion / TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / migrasome / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / protein import into mitochondrial matrix / protein-transporting ATPase activity / Mitochondrial protein import ...tRNA import into mitochondrion / TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / migrasome / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / protein import into mitochondrial matrix / protein-transporting ATPase activity / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / sperm midpiece / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / cell periphery / regulation of protein stability / unfolded protein binding / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / Ub-specific processing proteases / mitochondrion / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.92 Å | ||||||
![]() | Tian, X.Y. / Su, J.Y. / Sui, S.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the intact Tom20 receptor in the human translocase of the outer membrane complex. 著者: Jiayue Su / Xuyang Tian / Ziyi Wang / Jiawen Yang / Shan Sun / Sen-Fang Sui / ![]() 要旨: The translocase of the outer membrane (TOM) complex serves as the main gate for preproteins entering mitochondria and thus plays a pivotal role in sustaining mitochondrial stability. Precursor ...The translocase of the outer membrane (TOM) complex serves as the main gate for preproteins entering mitochondria and thus plays a pivotal role in sustaining mitochondrial stability. Precursor proteins, featuring amino-terminal targeting signals (presequences) or internal targeting signals, are recognized by the TOM complex receptors Tom20, Tom22, and Tom70, and then translocated into mitochondria through Tom40. By using chemical cross-linking to stabilize Tom20 in the TOM complex, this study unveils the structure of the human TOM holo complex, encompassing the intact Tom20 component, at a resolution of approximately 6 Å by cryo-electron microscopy. Our structure shows the TOM holo complex containing only one Tom20 subunit, which is located right at the center of the complex and stabilized by extensive interactions with Tom22, Tom40, and Tom6. Based on the structure, we proposed a possible translocation mode of TOM complex, by which different receptors could work simultaneously to ensure that the preproteins recognized by them are all efficiently translocated into the mitochondria. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 168 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 110.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 732.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 734.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 38694MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Mitochondrial import receptor subunit ... , 6種, 11分子 AFBICHDEGJK
#1: タンパク質 | 分子量: 8007.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 37926.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 15532.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 6045.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 6256.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #6: タンパク質 | | 分子量: 16319.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TOM complex with whole Tom20 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 168.3 kDa/nm / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 282 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1151405 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 189667 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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