PDB-8xv2: Thiamine-bound human SLC19A3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xv2

タイトル

Thiamine-bound human SLC19A3

要素

Soluble cytochrome b562,Thiamine transporter 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / SLC19A3 / thiamine

機能・相同性

機能・相同性情報

pyridoxine transport / thiamine-containing compound metabolic process / Vitamin B1 (thiamin) metabolism / thiamine transmembrane transport / thiamine transmembrane transporter activity / thiamine transport / thiamine diphosphate biosynthetic process / electron transport chain / transmembrane transport / periplasmic space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Dang, Y. / Wang, G.P. / Zhang, Z.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: Substrate and drug recognition mechanisms of SLC19A3.
著者: Yu Dang / Tianyi Zhang / Shabareesh Pidathala / Guopeng Wang / Yijie Wang / Nanhao Chen / Chen Song / Chia-Hsueh Lee / Zhe Zhang /

履歴

登録	2024年1月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年6月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xv2.cif.gz	85.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xv2.ent.gz	60.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xv2_validation.pdf.gz	424.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xv2_full_validation.pdf.gz	425.2 KB	表示
XML形式データ	8xv2_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	8xv2_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/8xv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/8xv2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	38691MC 38692C 38693C 8xv5C 8xv9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (4) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (4) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (4)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (4)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (4)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (4)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (4)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Soluble cytochrome b562,Thiamine transporter 2

ヘテロ分子

68.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Soluble cytochrome b562,Thiamine transporter 2 / Cytochrome b-562 / ThTr-2 / ThTr2 / Solute carrier family 19 member 3 分子量: 67910.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: cybC, SLC19A3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: Q9BZV2
#2: 化合物	ChemComp-VIB / 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM / THIAMIN / VITAMIN B1 / 3-(2-メチル-4-アミノピリミジン-5-イルメチル)-4-メチル-5-(2-ヒドロキシエチル)チアゾ-ル-3-イウム分子量: 265.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₇N₄OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: human SLC19A3 in complex with thiamine / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.06 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 230813 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.006	3225
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.926	4406
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	7.584	1821
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.056	502
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.008	528

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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