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万見
- PDB-8xup: Crystal structure of lipoprotein NlpI in complex with MepS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xup
タイトルCrystal structure of lipoprotein NlpI in complex with MepS
要素
  • Lipoprotein NlpI
  • Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
キーワードPROTEIN BINDING / hydrolases / lipoprotein / protease / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


muramoyltetrapeptide carboxypeptidase activity / muramoyltetrapeptide carboxypeptidase / capsule polysaccharide biosynthetic process / peptidoglycan metabolic process / peptidoglycan turnover / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / cysteine-type peptidase activity / cell outer membrane / cell wall organization / protein-macromolecule adaptor activity ...muramoyltetrapeptide carboxypeptidase activity / muramoyltetrapeptide carboxypeptidase / capsule polysaccharide biosynthetic process / peptidoglycan metabolic process / peptidoglycan turnover / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / cysteine-type peptidase activity / cell outer membrane / cell wall organization / protein-macromolecule adaptor activity / endopeptidase activity / receptor-mediated virion attachment to host cell / cell cycle / cell division / protein homodimerization activity / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipoprotein NlpI / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / NlpC/P60 family / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...Lipoprotein NlpI / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / NlpC/P60 family / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipoprotein NlpI / Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tzeng, S.R. / Wang, S. / Huang, C.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of lipoprotein NlpI in complex with MepS
著者: Tzeng, S.R. / Wang, S. / Huang, C.H. / Lin, T.S.
履歴
登録2024年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein NlpI
B: Lipoprotein NlpI
C: Lipoprotein NlpI
D: Lipoprotein NlpI
E: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
F: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
G: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
H: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
I: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
J: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
K: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
L: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,51812
ポリマ－289,51812
非ポリマー00
水6,197344
1
A: Lipoprotein NlpI
B: Lipoprotein NlpI
E: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
G: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
I: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
J: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,7596
ポリマ－144,7596
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13250 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area46730 Å2
手法PISA
2
C: Lipoprotein NlpI
D: Lipoprotein NlpI
F: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
H: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
K: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase
L: Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,7596
ポリマ－144,7596
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13210 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area46080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.193, 99.439, 196.244
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.450, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Lipoprotein NlpI


分子量: 34082.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: nlpI, yhbM, b3163, JW3132 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFB1
#2: タンパク質
Murein DD-endopeptidase MepS/Murein LD-carboxypeptidase / Lipoprotein Spr / Murein hydrolase MepS


分子量: 19148.357 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: mepS, spr, yeiV, b2175, JW2163 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0AFV4, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素, muramoyltetrapeptide carboxypeptidase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.96 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.4M sodium acetate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 90404 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 57.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.086 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 15.39
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Num. unique obs: 8940 / CC1/2: 0.825 / CC star: 0.951 / Rrim(I) all: 0.544 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0352精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→29.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 29.04 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.563 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 4563 5 %RANDOM
Rwork0.1705 ---
obs0.173 85840 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 146.7 Å2 / Biso mean: 60.27 Å2 / Biso min: 22.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å2-2.1 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17727 0 0 347 18074
Biso mean---45.85 -
残基数----2189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01218094
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.01615979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3911.64824401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4991.56737221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.38252174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.3065166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.999103142
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.22578
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0221064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.023844
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 301 -
Rwork0.279 5812 -
obs--92.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2055-0.0566-0.17052.43490.01162.2916-0.133-0.0864-0.12350.27330.0879-0.4276-0.24830.32730.04510.1667-0.0396-0.08340.2168-0.08570.138774.422-24.0439.07
21.5988-0.0889-0.99822.15220.16013.47280.03470.5169-0.0687-0.43280.02660.1487-0.2187-0.3005-0.06130.2366-0.0049-0.08910.3703-0.13490.116455.467-26.37312.16
31.8056-0.2169-0.31452.1367-0.09533.14630.0609-0.2493-0.00460.31710.09470.0503-0.09870.1225-0.15570.16620.0432-0.00920.0649-0.00150.019315.785-22.48384.396
43.8499-0.3893-0.26761.8413-0.18211.10850.1270.4587-0.2959-0.2581-0.10080.457-0.0536-0.2968-0.02620.19410.1014-0.08190.1878-0.02950.1413-5.547-22.70659.21
53.5316-1.52760.30554.0990.41213.2116-0.05420.11150.4916-0.25240.34340.2407-0.5082-0.1256-0.28920.3798-0.07060.05910.20870.10530.190436.3823.41532.425
62.46290.17980.46955.19512.3623.4988-0.17880.2354-0.6422-0.2310.2256-0.02110.46980.1411-0.04680.1772-0.02430.04490.184-0.01760.344520.116-51.81447.214
73.4023-0.61961.90653.1131-1.57063.9732-0.2698-0.0521-0.11230.29740.0193-0.3052-0.42320.37340.25050.23070.0992-0.01570.2999-0.0210.325371.022-45.35360.304
82.73390.73751.23762.66840.09473.95240.2521-0.4483-0.13840.23970.0057-0.1565-0.08090.0055-0.25780.2776-0.04210.04880.232-0.07680.142237.563-0.85284.933
92.9010.5940.42694.762-1.86943.9428-0.1453-0.0923-0.70510.01280.19340.17630.7193-0.0704-0.04810.22420.08550.04550.2255-0.11730.454248.366-54.58149.142
102.6754-1.39632.41892.2284-1.87074.77220.53010.568-0.3805-0.6517-0.0250.14640.59380.2123-0.50510.58220.03-0.05410.39790.03110.175335.016-3.9747.255
113.70682.36650.65094.2313-0.33723.28090.05940.21980.75360.10870.08410.2153-0.69440.0857-0.14340.44030.08660.13180.12250.03970.233531.0976.92660.064
124.13531.77552.52481.42921.51723.4766-0.486-0.01930.327-0.2514-0.10880.7887-0.7164-0.70840.59480.40870.0551-0.14180.3935-0.09180.6838-3.477-45.09938.732
130.38590.0266-0.23270.1142-0.00260.3172-0.03550.016-0.06140.00460.0630.007-0.03040.0298-0.02750.11430.0437-0.0140.1611-0.0180.052635.404-23.89951.519
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 287
2X-RAY DIFFRACTION2B28 - 287
3X-RAY DIFFRACTION3C25 - 285
4X-RAY DIFFRACTION4D28 - 285
5X-RAY DIFFRACTION5E22 - 160
6X-RAY DIFFRACTION6F21 - 160
7X-RAY DIFFRACTION7G22 - 168
8X-RAY DIFFRACTION8H22 - 168
9X-RAY DIFFRACTION9I21 - 168
10X-RAY DIFFRACTION10J22 - 168
11X-RAY DIFFRACTION11K22 - 168
12X-RAY DIFFRACTION12L22 - 168
13X-RAY DIFFRACTION13A301 - 348
14X-RAY DIFFRACTION13B301 - 337
15X-RAY DIFFRACTION13C301 - 359
16X-RAY DIFFRACTION13D301 - 342
17X-RAY DIFFRACTION13E201 - 222
18X-RAY DIFFRACTION13F201 - 232
19X-RAY DIFFRACTION13G201 - 215
20X-RAY DIFFRACTION13H201 - 219
21X-RAY DIFFRACTION13I201 - 224
22X-RAY DIFFRACTION13J201 - 217
23X-RAY DIFFRACTION13K201 - 222
24X-RAY DIFFRACTION13L201 - 207

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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