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- PDB-8xuf: CDF1 Dof domain in palindromic-bound complex with DNA duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xuf
タイトルCDF1 Dof domain in palindromic-bound complex with DNA duplex
要素
  • CDF1
  • DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*G)-3')
キーワードDNA/DNA BINDING PROTEIN / PLANT-SPECIFIC TRANSCRIPTION FACTOR / GENE SUPRESSION / CIS-ELEMENT / ZINC FINGER / DNA BINDING PROTEIN / DNA-DNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase / vegetative to reproductive phase transition of meristem / chloroplast organization / flower development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding ...regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase / vegetative to reproductive phase transition of meristem / chloroplast organization / flower development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, Dof-type / Dof zinc finger protein / Dof domain, zinc finger / Zinc finger Dof-type signature. / Zinc finger Dof-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Cyclic dof factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Furihata, H. / Tanokura, M. / Miyakawa, T.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H04977 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04855 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121001 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)24ama121010j0003 日本
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2025
タイトル: Structural insights into CDF1 accumulation on the CONSTANS promoter via a plant-specific DNA-binding domain.
著者: Furihata, H. / Zhu, Z. / Nishida, K. / Sakuraba, Y. / Tsuji, A. / Yamashita, H. / Nosaki, S. / Tachibana, R. / Yamagami, A. / Ikeda, Y. / Abe, M. / Sawasaki, T. / Nakano, T. / Yanagisawa, S. ...著者: Furihata, H. / Zhu, Z. / Nishida, K. / Sakuraba, Y. / Tsuji, A. / Yamashita, H. / Nosaki, S. / Tachibana, R. / Yamagami, A. / Ikeda, Y. / Abe, M. / Sawasaki, T. / Nakano, T. / Yanagisawa, S. / Tanokura, M. / Miyakawa, T.
履歴
登録2024年1月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*G)-3')
C: CDF1
D: CDF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2446
ポリマ－27,1134
非ポリマー1312
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.442, 79.442, 93.729
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 3 through 20)
d_2ens_1(chain "B" and resid 3 through 20)
d_1ens_2(chain "C" and (resid 50 through 64 or (resid 65...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 50 through 51 or (resid 52...

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1DCDCDGDGAA3 - 93 - 9
d_2ens_1DCDCDGDGBB3 - 93 - 9
d_1ens_2PROPROGLYGLYCC50 - 1006 - 56
d_2ens_2PROPROGLYGLYDD50 - 1006 - 56

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.2669655032, -0.963569646573, 0.0162159274666), (-0.963703212981, 0.266885823982, -0.00693355957703), (0.00235316638758, -0.0174783626225, -0.99984447263)-50.6456456318, -38.7955233178, -23.4658212637
2given(-0.30183417477, -0.953266697008, 0.0133691928077), (-0.952677983696, 0.302118961545, 0.0335975066872), (-0.0360664708752, -0.0025956599424, -0.999346022271)-51.1212454668, -38.3729253676, -24.0926609251

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*G)-3')


分子量: 6122.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*G)-3')


分子量: 6140.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 CDF1 / Cyclic dof factor 1


分子量: 7425.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CDF1, DOF5.5, At5g62430, K19B1.4, MMI9.24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8W1E3
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES-NaOH, 50 mM magnesium chloride hexahydrate and 30% polyethylene glycol (PEG) 550 monomethyl ether (MME)

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→35.53 Å / Num. obs: 13900 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 61.03 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05328 / Rpim(I) all: 0.01537 / Rrim(I) all: 0.0555 / Net I/σ(I): 34.42
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 1.359 / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / Num. unique obs: 1344 / CC1/2: 0.821 / CC star: 0.95 / Rpim(I) all: 0.3817 / Rrim(I) all: 1.413 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→35.53 Å / SU ML: 0.3885 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.2325
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 693 4.99 %
Rwork0.2291 13191 -
obs0.2301 13884 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数805 814 2 36 1657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00721741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00192529
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0526271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0116187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.3759693
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.868259490771
ens_2d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.767934132495
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.480.40381390.35452582X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.730.34721280.33662590X-RAY DIFFRACTION100
2.73-3.120.38591450.32512609X-RAY DIFFRACTION99.96
3.12-3.930.24071470.22412615X-RAY DIFFRACTION99.46
3.93-35.530.1921340.18162795X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -31.3148184113 Å / Origin y: -11.1447246955 Å / Origin z: -11.5293060332 Å
111213212223313233
T0.607592855825 Å2-0.180889298508 Å2-0.0915463497235 Å2-0.713355644371 Å2-0.095520753863 Å2--0.661616179091 Å2
L1.06514236605 °20.233682505061 °23.44448103327 °2-0.100142595414 °22.09709034674 °2--4.6113942055 °2
S0.00175995583196 Å °-0.0323001814085 Å °-0.0678336449485 Å °-0.206026789981 Å °0.0453967631167 Å °0.271173852585 Å °0.070369945924 Å °-0.326526787992 Å °-0.00946023022163 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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