PDB-8xu6: Structural Insights into the Tumor Suppressor ZMYND11 Reveal Dive...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xu6

タイトル

Structural Insights into the Tumor Suppressor ZMYND11 Reveal Diverse Recognition Mechanisms

要素

Zinc finger MYND domain-containing protein 11

キーワード

ANTITUMOR PROTEIN / tumor / zinc finger

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3K36me3 reader activity / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of JNK cascade / : / regulation of signal transduction / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / transcription corepressor activity / chromosome / double-stranded DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.628 Å

データ登録者

Bai, X. / Chen, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Insights into the Tumor Suppressor ZMYND11 Reveal Diverse Recognition Mechanisms
著者: Bai, X. / Chen, Z.

履歴

登録	2024年1月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly ...citation / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct Item: _citation.title / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xu6.cif.gz	53.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xu6.ent.gz	36.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xu6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xu6_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xu6_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8xu6_validation.xml.gz	4.9 KB	表示
CIF形式データ	8xu6_validation.cif.gz	6.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/8xu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/8xu6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Zinc finger MYND domain-containing protein 11

ヘテロ分子

6.52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, 111

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.022, 55.022, 74.411
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-304- HOH
2	1	A-317- HOH
3	1	A-319- HOH
4	1	A-321- HOH
5	1	A-322- HOH

#1: タンパク質	Zinc finger MYND domain-containing protein 11 / Adenovirus 5 E1A-binding protein / Bone morphogenetic protein receptor-associated molecule 1 / Protein BS69 分子量: 6384.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZMYND11, BRAM1, BS69 / 発現宿主: prokaryote coculture (バクテリア) / 参照: UniProt: Q15326
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.97 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 40 % v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol,100 mM MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 198 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.628→47.76 Å / Num. obs: 8809 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 19 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 73.4
反射シェル	解像度: 1.63→1.66 Å / Num. unique obs: 2301 / CC_1/2: 0.997

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.628→47.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / WR_factor R_free: 0.239 / WR_factor R_work: 0.19 / SU B: 6.081 / SU ML: 0.086 / Average fsc free: 0.8967 / Average fsc work: 0.911 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.087
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2265	430	4.881 %	RANDOM
R_work	0.1809	8379	-	-
all	0.183	-	-	-
obs	-	8809	99.447 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.074 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.102 Å²	0.551 Å²	0 Å²
2-	-	1.102 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.576 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.628→47.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	422	0	0	25	447

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	433
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	368
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.561	1.624	585
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.619	1.563	850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.106	5	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.652	20.455	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.94	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.629	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	488
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	106
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	207
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.094	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.203	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.139	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.263	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.443	4.464	215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.313	4.45	214
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.907	6.678	267
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.894	6.691	268
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.279	4.857	218
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.262	4.865	219
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.428	7.036	318
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.424	7.037	318
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.033	49.551	460
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.061	49.688	461
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.707	3	800

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.628-1.671	0.335	27	0.299	592	0.3	632	0.619	0.693	97.943	0.231
1.671-1.716	0.311	27	0.233	588	0.236	618	0.77	0.809	99.5146	0.187
1.716-1.766	0.23	25	0.187	575	0.189	600	0.9	0.877	100	0.14
1.766-1.82	0.242	29	0.205	559	0.207	588	0.89	0.899	100	0.16
1.82-1.88	0.213	27	0.174	538	0.175	565	0.907	0.934	100	0.147
1.88-1.946	0.206	23	0.173	530	0.175	553	0.947	0.924	100	0.144
1.946-2.019	0.232	30	0.164	510	0.168	540	0.926	0.943	100	0.144
2.019-2.101	0.287	28	0.15	481	0.157	509	0.919	0.956	100	0.132
2.101-2.195	0.164	24	0.142	474	0.143	499	0.956	0.954	99.7996	0.124
2.195-2.301	0.302	24	0.145	451	0.152	475	0.917	0.948	100	0.131
2.301-2.426	0.247	32	0.173	421	0.178	453	0.918	0.944	100	0.157
2.426-2.572	0.259	19	0.165	416	0.168	435	0.897	0.953	100	0.16
2.572-2.749	0.286	22	0.161	391	0.167	413	0.939	0.955	100	0.16
2.749-2.969	0.278	21	0.18	361	0.185	382	0.922	0.948	100	0.184
2.969-3.251	0.26	21	0.183	339	0.188	360	0.93	0.94	100	0.185
3.251-3.633	0.284	13	0.169	312	0.174	325	0.958	0.96	100	0.183
3.633-4.19	0.18	14	0.148	286	0.15	300	0.965	0.976	100	0.172
4.19-5.122	0.105	15	0.165	238	0.16	255	0.983	0.97	99.2157	0.197
5.122-7.203	0.25	5	0.185	200	0.187	211	0.976	0.967	97.1564	0.231
7.203-47.65	0.317	4	0.443	117	0.439	142	0.861	0.832	85.2113	0.789

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関連情報:EMDBヘッダ

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