PDB-8xu5: The Crystal Structure of RORgT from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xu5

タイトル

The Crystal Structure of RORgT from Biortus.

要素

Nuclear receptor ROR-gamma

キーワード

TRANSCRIPTION / Activator / Biological rhythms / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Wu, B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of RORgT from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Wu, B.

履歴

登録	2024年1月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xu5.cif.gz	108 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xu5.ent.gz	79.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xu5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xu5_validation.pdf.gz	423.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xu5_full_validation.pdf.gz	424.4 KB	表示
XML形式データ	8xu5_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	8xu5_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/8xu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/8xu5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nuclear receptor ROR-gamma

B: Nuclear receptor ROR-gamma

56.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nuclear receptor ROR-gamma

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nuclear receptor ROR-gamma

登録者が定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.809, 99.809, 125.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 265 - 486 / Label seq-ID: 1 - 222

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma 分子量: 28307.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...

分子量: 28307.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.2M sodium formate, 3% MPD, 0.1M HEPES pH 7.4+ 0.1M Adenosine-5-triphosphate diNa salt

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→46.37 Å / Num. obs: 9025 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 0.177 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 3.5→3.83 Å / R_merge(I) obs: 1.076 / Num. unique obs: 2156

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.5→43.256 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 36.104 / SU ML: 0.521 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.587 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2493	418	4.646 %
R_work	0.2011	8579	-
all	0.203	-	-
obs	-	8997	99.922 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 103.802 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.129 Å²	0.565 Å²	0 Å²
2-	-	1.129 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.663 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→43.256 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3738	0	0	17	3755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	3813
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.181	1.631	5130
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.169	1.573	8366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.319	5	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	22.338	21.106	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.433	15	711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.454	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	943
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.163	0.2	3135
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.086	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.436	10.77	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.437	10.767	1829
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.616	16.166	2284
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.614	16.169	2285
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.172	11.407	1983
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.171	11.409	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.762	16.888	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.76	16.89	2847
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.686	205.048	15473
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.686	205.038	15473
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.106	0.05	7095

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10613	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10613	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.591	0.401	33	0.31	635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.591-3.689	0.311	33	0.302	619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.689-3.796	0.323	12	0.273	609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.796-3.913	0.382	33	0.268	581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.913-4.041	0.249	21	0.238	554	X-RAY DIFFRACTION	100
4.041-4.182	0.269	23	0.222	558	X-RAY DIFFRACTION	100
4.182-4.34	0.205	32	0.213	529	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-4.516	0.304	23	0.193	484	X-RAY DIFFRACTION	100
4.516-4.717	0.291	29	0.186	505	X-RAY DIFFRACTION	100
4.717-4.946	0.268	28	0.182	444	X-RAY DIFFRACTION	100
4.946-5.213	0.264	16	0.18	458	X-RAY DIFFRACTION	100
5.213-5.528	0.31	24	0.186	420	X-RAY DIFFRACTION	100
5.528-5.907	0.179	21	0.201	386	X-RAY DIFFRACTION	100
5.907-6.378	0.226	18	0.221	365	X-RAY DIFFRACTION	100
6.378-6.983	0.477	20	0.205	334	X-RAY DIFFRACTION	100
6.983-7.801	0.356	7	0.194	319	X-RAY DIFFRACTION	100
7.801-8.996	0.182	18	0.146	269	X-RAY DIFFRACTION	100
8.996-10.988	0.105	16	0.113	223	X-RAY DIFFRACTION	100
10.988-15.415	0.19	9	0.15	182	X-RAY DIFFRACTION	100
15.415-43.256	0.177	2	0.228	105	X-RAY DIFFRACTION	93.8596

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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