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- PDB-8xtt: Nuclear receptor Nor1 ligand binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xtt
タイトルNuclear receptor Nor1 ligand binding domain
要素Nuclear receptor subfamily 4 group A member 3
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Nuclear receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mast cell activation by Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of monocyte aggregation / cAMP response element binding / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / positive regulation of feeding behavior / regulation of type B pancreatic cell proliferation / common myeloid progenitor cell proliferation / nuclear glucocorticoid receptor binding / positive regulation of mast cell cytokine production / regulation of smooth muscle cell proliferation ...positive regulation of mast cell activation by Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of monocyte aggregation / cAMP response element binding / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / positive regulation of feeding behavior / regulation of type B pancreatic cell proliferation / common myeloid progenitor cell proliferation / nuclear glucocorticoid receptor binding / positive regulation of mast cell cytokine production / regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular respiration / cellular response to leptin stimulus / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / mast cell degranulation / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / fat cell differentiation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / energy homeostasis / nuclear steroid receptor activity / animal organ regeneration / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / gastrulation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / cellular response to catecholamine stimulus / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Orphan nuclear receptor, NOR1 type / Orphan nuclear receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Orphan nuclear receptor, NOR1 type / Orphan nuclear receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear receptor subfamily 4 group A member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yoo, J.Y. / Yoon, H.S.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nuclear receptor Nor1 ligand binding domain
著者: Yoo, J.Y. / Yoon, H.S.
履歴
登録2024年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8361
ポリマ－27,8361
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 4 group A member 3 / Mitogen-induced nuclear orphan receptor / Neuron-derived orphan receptor 1 / Nuclear hormone receptor NOR-1


分子量: 27836.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A3, CHN, CSMF, MINOR, NOR1, TEC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92570
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験Sample state: isotropic / タイプ: 2D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.6 mM [U-99% 15N] Nor1-LBD, 90% H2O/10% D2O / Label: 15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.6 mM / 構成要素: Nor1-LBD / Isotopic labeling: [U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 150 mM NaCl Not defined / Label: 15N labeling / pH: 8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NMRFAM-SPARKYWoonghee Leechemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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