PDB-8xta: Clostridioides difficile MarR (WP_003434724)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xta

タイトル

Clostridioides difficile MarR (WP_003434724)

要素

(MarR family transcriptional regulator) x 2

キーワード

TRANSCRIPTION / MarR

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Park, S. / Kwon, N.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of a Clostridioides difficile multiple antibiotic resistance regulator (MarR) CD0473 suggests a potential redox-regulated function.
著者: Kwon, N. / Rho, S. / Ha, S.C. / Park, S.

履歴

登録	2024年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xta.cif.gz	128.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xta.ent.gz	100.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xta.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xta_validation.pdf.gz	463.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xta_full_validation.pdf.gz	478.6 KB	表示
XML形式データ	8xta_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	8xta_validation.cif.gz	35 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/8xta ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/8xta	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xt8C 8xu0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MarR family transcriptional regulator

B: MarR family transcriptional regulator

C: MarR family transcriptional regulator

D: MarR family transcriptional regulator

69 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MarR family transcriptional regulator

B: MarR family transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
35.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: MarR family transcriptional regulator

D: MarR family transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	176.483, 69.402, 95.007
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	MarR family transcriptional regulator 分子量: 18673.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_003434724 由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 遺伝子: mexR_2, SAMEA897059_03225 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A9X9QLH1
#2: タンパク質	MarR family transcriptional regulator 分子量: 16784.301 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WP_003434724 由来: (組換発現) Clostridioides difficile (バクテリア) 遺伝子: mexR_2, SAMEA897059_03225 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A9X9QLH1
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.82 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 3.0 M NaCl, 0.1 M sodium acetate pH 4.5, and 10 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2023年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→95.01 Å / Num. obs: 41080 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 30.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 1988 / CC_1/2: 0.781

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→95.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 7.821 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26019	2060	5 %	RANDOM
R_work	0.20997	-	-	-
obs	0.21241	38935	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.444 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.5 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→95.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4602	0	0	124	4726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.02	4664
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4620
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.027	1.987	6255
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.917	3	10697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.239	5	558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.349	24.908	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.016	15	968
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.874	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	721
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5061
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	978
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.912	5.675	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.912	5.674	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.486	8.491	2798
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.485	8.492	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.9	6.258	2418
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.899	6.259	2419
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.475	9.073	3457
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.234	44.239	5539
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	13.24	44.211	5520
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.503→2.567 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.402	155	-
R_work	0.338	2786	-
obs	-	-	98.03 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)