PDB-8xsm: transporter

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xsm

タイトル

transporter

要素

Solute carrier family 52, riboflavin transporter, member 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxybutyrate receptor activity / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / riboflavin metabolic process / riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / virus receptor activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å

データ登録者

Jiang, D.H. / Wang, K.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: structure of transporter
著者: Jiang, D.H. / Wang, K.

履歴

登録	2024年1月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年1月15日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年1月15日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年1月15日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年1月15日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年1月15日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月18日	Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.1	2025年6月18日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xsm.cif.gz	74.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xsm.ent.gz	53.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xsm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xsm_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xsm_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8xsm_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	8xsm_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/8xsm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/8xsm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	38622MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Solute carrier family 52, riboflavin transporter, member 2

ヘテロ分子

46.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Solute carrier family 52, riboflavin transporter, member 2 / Porcine endogenous retrovirus A receptor 1 / PERV-A receptor 1 / Protein GPR172A / Riboflavin ...Porcine endogenous retrovirus A receptor 1 / PERV-A receptor 1 / Protein GPR172A / Riboflavin transporter 3 / hRFT3 分子量: 45803.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC52A2, GPR172A, PAR1, RFT3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HAB3
#2: 化合物	ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン分子量: 376.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: complex with A / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143636 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.004	2861
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.636	3928
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	20.76	393
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.04	482
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.006	476

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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