PDB-8xsg: Crystal structure of the Actinobacillus minor NM305 glucosyltrans...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xsg

タイトル

Crystal structure of the Actinobacillus minor NM305 glucosyltransferase in complex with UDP

要素

Putative glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / glycosylation / glycosyltransferase / glucosyltransferase / GT-B fold / UDP

機能・相同性

: / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / glycosyltransferase activity / URIDINE / Putative glycosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Actinobacillus minor NM305 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Yamasaki, T. / Kohda, D.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: An uncharacterized gene from the Actinobacillus genus encodes a glucosyltransferase with successive transfer activity and unique substrate specificity.
著者: Yamasaki, T. / Kohda, D.

履歴

登録	2024年1月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xsg.cif.gz	381.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xsg.ent.gz	236.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xsg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xsg_validation.pdf.gz	815.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xsg_full_validation.pdf.gz	816.7 KB	表示
XML形式データ	8xsg_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	8xsg_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/8xsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/8xsg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xshSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative glycosyltransferase

ヘテロ分子

40.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative glycosyltransferase

ヘテロ分子

A: Putative glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
80.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.136, 43.390, 95.823
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.440, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-590- HOH

#1: タンパク質	Putative glycosyltransferase 分子量: 39619.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GLY A 1 EXPRESSION TAG PRO A 2 EXPRESSION TAG 由来: (組換発現) Actinobacillus minor NM305 (バクテリア) 遺伝子: AM305_00150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5RYK2
#2: 化合物	ChemComp-URI / URIDINE / ウリジン分子量: 244.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂N₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M sodium formate, 14% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 32975 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 33
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique obs: 1948 / CC_1/2: 0.989

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8XSH

8xsh

解像度: 1.8→42.557 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / WR_factor R_free: 0.205 / WR_factor R_work: 0.161 / SU B: 5.731 / SU ML: 0.08 / Average fsc free: 0.9743 / Average fsc work: 0.9869 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2013	1696	5.143 %
R_work	0.1584	31278	-
all	0.161	-	-
obs	-	32974	96.339 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.179 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.838 Å²	0 Å²	-0.585 Å²
2-	-	-0.417 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.121 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.557 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2796	0	29	215	3040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2896
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.448	1.654	3914
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.515	1.573	6247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.804	5	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.498	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.248	10	503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.207	10	148
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3362
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	522
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	2447
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.06	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.186	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.142	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.055	2.793	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.046	2.793	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.837	5.022	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.842	5.024	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.317	3.161	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.315	3.161	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.21	5.65	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.21	5.649	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.11	28.05	3234
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.019	27.941	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.981	3	5603

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.231	112	0.184	2294	0.187	2504	0.976	0.986	96.0863	0.168
1.847-1.897	0.251	108	0.173	2090	0.176	2444	0.96	0.987	89.9345	0.154
1.897-1.952	0.212	110	0.155	2118	0.158	2414	0.973	0.986	92.2949	0.135
1.952-2.012	0.213	115	0.136	2110	0.14	2282	0.972	0.989	97.5022	0.123
2.012-2.078	0.198	116	0.142	2069	0.145	2230	0.974	0.988	97.9821	0.128
2.078-2.151	0.204	122	0.145	2012	0.148	2176	0.975	0.988	98.0699	0.133
2.151-2.232	0.198	122	0.139	1921	0.143	2084	0.979	0.989	98.0326	0.13
2.232-2.322	0.203	106	0.144	1857	0.148	2001	0.973	0.988	98.101	0.136
2.322-2.425	0.185	106	0.129	1811	0.132	1952	0.979	0.991	98.207	0.124
2.425-2.543	0.186	99	0.143	1735	0.145	1865	0.978	0.989	98.3378	0.139
2.543-2.68	0.238	79	0.152	1640	0.156	1752	0.972	0.987	98.1164	0.15
2.68-2.842	0.227	85	0.167	1576	0.171	1688	0.967	0.983	98.4005	0.167
2.842-3.038	0.237	72	0.174	1459	0.177	1572	0.965	0.982	97.3919	0.178
3.038-3.28	0.196	60	0.172	1342	0.173	1461	0.978	0.983	95.9617	0.178
3.28-3.59	0.207	56	0.18	1095	0.181	1369	0.976	0.985	84.076	0.19
3.59-4.011	0.186	57	0.159	1148	0.16	1223	0.98	0.987	98.5282	0.173
4.011-4.624	0.195	64	0.142	1029	0.145	1099	0.983	0.989	99.454	0.163
4.624-5.647	0.168	33	0.157	891	0.158	926	0.983	0.989	99.784	0.181
5.647-7.917	0.208	44	0.171	701	0.174	745	0.974	0.985	100	0.189
7.917-42.557	0.16	30	0.204	380	0.201	437	0.986	0.978	93.8215	0.239

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