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- PDB-8xsb: Crystal structure of the DNA-bound AHR-ARNT heterodimer in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xsb
タイトルCrystal structure of the DNA-bound AHR-ARNT heterodimer in complex with Indirubin
要素
  • (Aryl hydrocarbon ...) x 2
  • DNAF
  • DNAR
キーワードTRANSCRIPTION / Aryl hydrocarbon receptor / Indirubin / bHLH-PAS
機能・相同性
機能・相同性情報


Phase I - Functionalization of compounds / Endogenous sterols / Xenobiotics / Aryl hydrocarbon receptor signalling / regulation of B cell proliferation / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / positive regulation of hormone biosynthetic process / cellular response to molecule of bacterial origin / Aryl hydrocarbon receptor signalling ...Phase I - Functionalization of compounds / Endogenous sterols / Xenobiotics / Aryl hydrocarbon receptor signalling / regulation of B cell proliferation / cellular response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / positive regulation of hormone biosynthetic process / cellular response to molecule of bacterial origin / Aryl hydrocarbon receptor signalling / aryl hydrocarbon receptor complex / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of protein sumoylation / Xenobiotics / Phase I - Functionalization of compounds / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / aryl hydrocarbon receptor binding / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Endogenous sterols / embryonic placenta development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / cellular response to forskolin / xenobiotic metabolic process / TBP-class protein binding / positive regulation of erythrocyte differentiation / cellular response to cAMP / positive regulation of glycolytic process / Hsp90 protein binding / PPARA activates gene expression / response to toxic substance / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription coactivator binding / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / rhythmic process / cellular response to oxidative stress / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aryl hydrocarbon receptor / Aryl hydrocarbon receptor/Aryl hydrocarbon receptor repressor / : / Nuclear translocator / PAS fold-3 / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain ...Aryl hydrocarbon receptor / Aryl hydrocarbon receptor/Aryl hydrocarbon receptor repressor / : / Nuclear translocator / PAS fold-3 / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JY6 / DNA / DNA (> 10) / Aryl hydrocarbon receptor / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Diao, X. / Shang, Q. / Wu, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82373876 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the ligand-dependent activation of heterodimeric AHR-ARNT complex.
著者: Diao, X. / Shang, Q. / Guo, M. / Huang, Y. / Zhang, M. / Chen, X. / Liang, Y. / Sun, X. / Zhou, F. / Zhuang, J. / Liu, S.J. / Vogel, C.F.A. / Rastinejad, F. / Wu, D.
履歴
登録2024年1月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
B: Aryl hydrocarbon receptor
C: DNAF
D: DNAR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6245
ポリマ－101,3624
非ポリマー2621
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12950 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area36070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.100, 99.632, 80.002
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Aryl hydrocarbon ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein


分子量: 43231.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARNT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27540
#2: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor


分子量: 45242.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: AHR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: I3LF82

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 DNAF


分子量: 6473.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖 DNAR


分子量: 6415.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 2種, 24分子

#5: 化合物 ChemComp-JY6 / (3~{Z})-3-(3-oxidanylidene-1~{H}-indol-2-ylidene)-1~{H}-indol-2-one / indirubin


分子量: 262.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H10N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.32 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: potassium citrate tribasic monohydrate, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→49.82 Å / Num. obs: 20126 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.06-3.176.80.812.419820.8550.3310.87697.3
3.17-3.296.70.5333.520060.960.2220.57898.5
3.29-3.447.10.4344.720040.960.1740.46899
3.44-3.627.10.278719890.9830.1120.399
3.62-3.856.90.238.520120.9780.0940.24899
3.85-4.156.90.14712.320190.9910.060.15999.4
4.15-4.566.80.09717.420350.9950.040.10599.3
4.56-5.2270.08619.820220.9950.0350.09399.4
5.22-6.586.70.09417.820220.9940.0390.10299.1
6.58-49.826.60.04929.920350.9980.0210.05497.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.06→36 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 1005 5 %
Rwork0.2001 --
obs0.2021 20087 98.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5004 855 20 23 5902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5248403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4624095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039927
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004928
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.06-3.21680.33721410.28382683X-RAY DIFFRACTION97
3.2168-3.41820.2841430.25492699X-RAY DIFFRACTION98
3.4182-3.68190.26971430.20852709X-RAY DIFFRACTION99
3.6819-4.0520.2371430.19322731X-RAY DIFFRACTION99
4.052-4.63730.21361450.16692750X-RAY DIFFRACTION99
4.6373-5.83840.22561450.17522751X-RAY DIFFRACTION99
5.8384-360.21421450.20142759X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.5292 Å / Origin y: 2.8952 Å / Origin z: 13.128 Å
111213212223313233
T0.3872 Å20.0826 Å20.0803 Å2-0.3365 Å20.0526 Å2--0.3835 Å2
L1.7775 °20.4918 °20.1361 °2-0.633 °20.1972 °2--0.3646 °2
S0.0129 Å °-0.2807 Å °-0.0499 Å °0.0282 Å °-0.0138 Å °-0.0807 Å °0.0491 Å °0.0782 Å °0.0034 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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