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- PDB-8xrx: The crystal structure of a GH3 enzyme CcBgl3B with glucose and ge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xrx
タイトルThe crystal structure of a GH3 enzyme CcBgl3B with glucose and gentiobiose
要素GH3 enzyme CcBgl3B
キーワードHYDROLASE / GH3 enzyme CcBgl3B / glucose / gentiobiose
機能・相同性beta-D-glucopyranose / alpha-D-glucopyranose
機能・相同性情報
生物種Cellulosimicrobium cellulans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Su, J.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: A trapped covalent intermediate as a key catalytic element in the hydrolysis of a GH3 beta-glucosidase: An X-ray crystallographic and biochemical study.
著者: Hu, C. / Wang, Y. / Wang, W. / Cui, W. / Jia, X. / Mayo, K.H. / Zhou, Y. / Su, J. / Yuan, Y.
履歴
登録2024年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH3 enzyme CcBgl3B
B: GH3 enzyme CcBgl3B
C: GH3 enzyme CcBgl3B
D: GH3 enzyme CcBgl3B
E: GH3 enzyme CcBgl3B
F: GH3 enzyme CcBgl3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,35018
ポリマ－490,5436
非ポリマー1,80812
水7,260403
1
A: GH3 enzyme CcBgl3B
B: GH3 enzyme CcBgl3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,2977
ポリマ－163,5142
非ポリマー7835
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area47730 Å2
手法PISA
2
C: GH3 enzyme CcBgl3B
D: GH3 enzyme CcBgl3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,1176
ポリマ－163,5142
非ポリマー6034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6600 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area48150 Å2
手法PISA
3
E: GH3 enzyme CcBgl3B
F: GH3 enzyme CcBgl3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,9375
ポリマ－163,5142
非ポリマー4223
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area44930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.095, 183.009, 269.154
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
GH3 enzyme CcBgl3B


分子量: 81757.086 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cellulosimicrobium cellulans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpb1-6DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(6+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 409分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.97538 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97538 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→19.95 Å / Num. obs: 264973 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.538 / Num. unique obs: 11550

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.10.1_2155: ???) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→19.948 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2295 2000 0.75 %
Rwork0.1965 --
obs0.1967 264944 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.948 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32609 0 110 403 33122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00933677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9646082
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.87119843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0595345
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076086
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.56250.35861340.298317573X-RAY DIFFRACTION93
2.5625-2.63160.32381420.274818775X-RAY DIFFRACTION100
2.6316-2.70880.29271440.262918887X-RAY DIFFRACTION100
2.7088-2.79610.29961430.251718831X-RAY DIFFRACTION100
2.7961-2.89570.25871440.244718873X-RAY DIFFRACTION100
2.8957-3.01130.28221440.237918855X-RAY DIFFRACTION100
3.0113-3.14780.27191430.229918901X-RAY DIFFRACTION100
3.1478-3.31310.2471430.222918867X-RAY DIFFRACTION100
3.3131-3.51960.26271430.207518842X-RAY DIFFRACTION100
3.5196-3.78960.21761440.181618885X-RAY DIFFRACTION100
3.7896-4.16780.17911440.161718811X-RAY DIFFRACTION99
4.1678-4.76380.1791430.150418878X-RAY DIFFRACTION100
4.7638-5.9750.20011440.162518932X-RAY DIFFRACTION100
5.975-19.9480.18471450.166219034X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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