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- PDB-8xri: The crystal structure of AsfvTopII in complex with both G-DNA and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xri
タイトルThe crystal structure of AsfvTopII in complex with both G-DNA and T-DNA
要素
  • DNA (56-MER)
  • DNA topoisomerase 2
キーワードREPLICATION / Topoisomerase / complex / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


sister chromatid segregation / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / host cell cytoplasm / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV ...: / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 2
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus BA71V (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Yang, J. / Gan, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The crystal structure of AsfvTopII in complex with both G-DNA and T-DNA
著者: Yang, J. / Gan, J.H.
履歴
登録2024年1月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 2
B: DNA topoisomerase 2
C: DNA (56-MER)
E: DNA (56-MER)
G: DNA (56-MER)
H: DNA (56-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,36513
ポリマ－215,0076
非ポリマー3587
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.210, 134.366, 135.926
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 2 / DNA topoisomerase II


分子量: 90286.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス)
遺伝子: TOP, Ba71V-112, P1192R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q00942, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#2: DNA鎖
DNA (56-MER)


分子量: 8608.518 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス)
発現宿主: chemical production metagenome (メタゲノム)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH8.0, 55% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→135.93 Å / Num. obs: 52171 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.942 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.233 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 393991
反射 シェル解像度: 2.92→3.08 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 2.089 / Num. measured all: 45965 / Num. unique obs: 7538 / CC1/2: 0.367 / Rpim(I) all: 0.918 / Rrim(I) all: 2.288 / Χ2: 0.82 / Net I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.1_4122: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.92→25.61 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2497 2560 4.96 %
Rwork0.2049 --
obs0.207 51639 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→25.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12304 1934 21 0 14259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79220432
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6932649
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052270
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.92-2.970.41081200.31762545X-RAY DIFFRACTION94
2.97-3.040.32411280.30782625X-RAY DIFFRACTION96
3.04-3.10.31711250.28292646X-RAY DIFFRACTION98
3.1-3.170.30641760.27552679X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.250.33221560.26842691X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.340.27311570.25012712X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.440.26661690.24062675X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.550.27881740.22362709X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.680.2661480.21642730X-RAY DIFFRACTION100
3.68-3.820.25761280.20132728X-RAY DIFFRACTION100
3.82-40.23031280.18682766X-RAY DIFFRACTION100
4-4.210.22111450.18292724X-RAY DIFFRACTION100
4.21-4.470.20421270.16832767X-RAY DIFFRACTION100
4.47-4.810.20251320.16972783X-RAY DIFFRACTION100
4.81-5.290.21241250.1782769X-RAY DIFFRACTION100
5.29-6.050.31461440.21132791X-RAY DIFFRACTION100
6.05-7.580.27991370.20562828X-RAY DIFFRACTION100
7.59-25.610.17521410.17172911X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.9111 Å / Origin y: 30.368 Å / Origin z: 31.2751 Å
111213212223313233
T0.3724 Å2-0.0199 Å20.0004 Å2-0.3499 Å20.0049 Å2--0.3985 Å2
L0.5314 °20.0325 °2-0.079 °2-0.6501 °2-0.0751 °2--0.6721 °2
S-0.0428 Å °-0.0215 Å °-0.0369 Å °0.0877 Å °0.0153 Å °0.0336 Å °-0.0137 Å °0.0614 Å °0.0252 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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