PDB-8xqu: The Crystal Structure of ClpC1-NTD from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xqu

タイトル

The Crystal Structure of ClpC1-NTD from Biortus.

要素

ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1

キーワード

CHAPERONE / ATP-dependent specificity component of the Clp protease. Degrades anti-sigma-E factor RseA

機能・相同性

FORMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Ni, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of ClpC1-NTD from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Ni, C.

履歴

登録	2024年1月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xqu.cif.gz	92.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xqu.ent.gz	55 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xqu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xqu_validation.pdf.gz	445.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xqu_full_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示
XML形式データ	8xqu_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	8xqu_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/8xqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/8xqu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.286, 56.286, 111.669
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-367- HOH
2	1	A-383- HOH

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC1 分子量: 16002.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: prokaryote coculture (バクテリア)
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4.0M Na formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.1806 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1806 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→43.72 Å / Num. obs: 18178 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 29.9
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / R_merge(I) obs: 0.843 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1113

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→43.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 5.707 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2008	919	5.066 %
R_work	0.1751	17220	-
all	0.176	-	-
obs	-	18139	99.978 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.855 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.246 Å²	0.123 Å²	0 Å²
2-	-	0.246 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.799 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→43.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1126	0	17	87	1230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.422	1.645	1583
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.483	1.567	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.366	5	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.277	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.802	10	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.721	10	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	272
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	594
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	685
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.268	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.163	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.268	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.069	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.42	2.662	587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.417	2.662	588
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.126	4.741	734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.142	4.749	735
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.153	3.436	590
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.157	3.441	589
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.73	5.928	845
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.724	5.926	846
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.835	34.847	5162
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.834	34.083	5109

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.898	0.273	53	0.261	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
1.898-1.95	0.278	81	0.234	1209	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.006	0.208	69	0.205	1175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.006-2.068	0.244	60	0.206	1152	X-RAY DIFFRACTION	100
2.068-2.136	0.271	51	0.201	1103	X-RAY DIFFRACTION	100
2.136-2.21	0.225	63	0.178	1076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.294	0.218	56	0.179	1052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.294-2.387	0.252	61	0.167	998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.387-2.493	0.213	57	0.167	966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.493-2.614	0.226	40	0.177	943	X-RAY DIFFRACTION	100
2.614-2.755	0.22	59	0.182	867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.755-2.921	0.22	45	0.202	848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.921-3.122	0.285	35	0.225	820	X-RAY DIFFRACTION	100
3.122-3.371	0.237	38	0.202	732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.371-3.691	0.176	39	0.163	684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.691-4.123	0.115	36	0.139	631	X-RAY DIFFRACTION	100
4.123-4.754	0.147	22	0.121	564	X-RAY DIFFRACTION	100
4.754-5.806	0.147	22	0.157	489	X-RAY DIFFRACTION	100
5.806-8.142	0.218	22	0.177	395	X-RAY DIFFRACTION	100
8.142-43.72	0.191	10	0.186	240	X-RAY DIFFRACTION	98.8142

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 7.495 Å / Origin y: 18.064 Å / Origin z: -13.633 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0392 Å²	-0.0048 Å²	0.0288 Å²	-	0.1837 Å²	-0.0175 Å²	-	-	0.044 Å²
L	6.309 °²	-0.8823 °²	1.0815 °²	-	1.6509 °²	-0.4273 °²	-	-	2.6747 °²
S	-0.1068 Å °	0.1898 Å °	-0.3998 Å °	0.0153 Å °	0.0532 Å °	0.1148 Å °	0.2527 Å °	-0.1347 Å °	0.0536 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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