PDB-8xqk: The Crystal Structure of Apaf from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xqk

タイトル

The Crystal Structure of Apaf from Biortus.

要素

Apoptotic protease-activating factor 1

キーワード

APOPTOSIS / Possesses tyrosine phosphatase activity. / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

response to G1 DNA damage checkpoint signaling / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Formation of apoptosome / regulation of apoptotic DNA fragmentation / apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Ni, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of Apaf from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Ni, C.

履歴

登録	2024年1月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xqk.cif.gz	90.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xqk.ent.gz	68.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xqk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/8xqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/8xqk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (19) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (10) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (5) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (19)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (10)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (5)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Apoptotic protease-activating factor 1

B: Apoptotic protease-activating factor 1

C: Apoptotic protease-activating factor 1

D: Apoptotic protease-activating factor 1

ヘテロ分子

45.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Apoptotic protease-activating factor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Apoptotic protease-activating factor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Apoptotic protease-activating factor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Apoptotic protease-activating factor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.641, 75.336, 161.067
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ILE	ILE	0 - 91	1 - 92
2	1	1	ILE	ILE	0 - 91	1 - 92
3	2	2	ILE	ILE	0 - 91	1 - 92
4	2	2	ILE	ILE	0 - 91	1 - 92
5	3	3	PRO	PRO	0 - 92	1 - 93
6	3	3	PRO	PRO	0 - 92	1 - 93
7	4	4	PRO	PRO	0 - 92	1 - 93
8	4	4	PRO	PRO	0 - 92	1 - 93
9	5	5	ILE	ILE	0 - 91	1 - 92
10	5	5	ILE	ILE	0 - 91	1 - 92
11	6	6	ILE	ILE	0 - 91	1 - 92
12	6	6	ILE	ILE	0 - 91	1 - 92

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Apoptotic protease-activating factor 1 / APAF-1 分子量: 11156.761 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APAF1, KIAA0413 / 発現宿主: prokaryote coculture (バクテリア) / 参照: UniProt: O14727
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6M Na/KPO4 pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.1806 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1806 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→48.75 Å / Num. obs: 18178 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 29.9
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / R_merge(I) obs: 0.843 / Num. unique obs: 1113

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.85→37.696 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.864 / SU B: 23.186 / SU ML: 0.415 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.489 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2831	470	4.905 %
R_work	0.225	9112	-
all	0.228	-	-
obs	-	9582	99.584 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.291 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.255 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.109 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.855 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→37.696 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3042	0	25	155	3222

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	3106
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2980
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.965	1.648	4170
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.327	1.588	6890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.336	5	377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.465	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.684	10	609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.349	10	148
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	649
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	695
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.241	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.115	0.05	2940
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.118	0.05	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.113	0.05	3005
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.097	0.05	3128
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.13	0.05	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.121	0.05	2941

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11462	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11462	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11798	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11798	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11342	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11342	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09707	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09707	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12986	0.05009
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12986	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12133	0.0501
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12133	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.85-2.924	0.407	40	0.327	660	0.331	702	0.915	0.908	99.7151	0.298
2.924-3.003	0.366	34	0.314	623	0.317	657	0.896	0.918	100	0.285
3.003-3.09	0.411	33	0.299	621	0.305	654	0.888	0.928	100	0.27
3.09-3.184	0.37	37	0.277	607	0.283	645	0.859	0.936	99.845	0.238
3.184-3.288	0.368	34	0.278	577	0.283	611	0.917	0.939	100	0.236
3.288-3.402	0.314	26	0.255	573	0.257	599	0.912	0.95	100	0.22
3.402-3.53	0.322	24	0.227	564	0.231	589	0.911	0.964	99.8302	0.196
3.53-3.672	0.279	29	0.252	502	0.253	541	0.945	0.958	98.1516	0.216
3.672-3.834	0.236	28	0.2	508	0.202	537	0.965	0.974	99.8138	0.169
3.834-4.019	0.204	24	0.23	490	0.229	530	0.977	0.965	96.9811	0.196
4.019-4.234	0.262	31	0.181	451	0.188	482	0.952	0.977	100	0.158
4.234-4.487	0.198	20	0.177	476	0.178	496	0.981	0.979	100	0.154
4.487-4.792	0.17	23	0.189	404	0.188	428	0.983	0.976	99.7664	0.157
4.792-5.169	0.235	17	0.183	407	0.185	424	0.969	0.979	100	0.16
5.169-5.652	0.327	13	0.22	358	0.224	372	0.922	0.967	99.7312	0.181
5.652-6.301	0.285	11	0.219	363	0.221	374	0.938	0.967	100	0.186
6.301-7.242	0.231	15	0.192	291	0.194	306	0.953	0.975	100	0.162
7.242-8.789	0.192	17	0.17	263	0.171	280	0.977	0.98	100	0.154
8.789-12.105	0.289	9	0.163	223	0.167	232	0.958	0.983	100	0.149
12.105-37.696	0.946	5	0.254	151	0.265	158	0.016	0.959	98.7342	0.246

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関連情報:EMDBヘッダ

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