PDB-8xpx: The Crystal Structure of PARP12 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xpx

タイトル

The Crystal Structure of PARP12 from Biortus.

要素

Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP12

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase / Nucleotidyltransferase / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+-protein-cysteine ADP-ribosyltransferase activity / protein auto-ADP-ribosylation / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / RNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Qi, J. / Shen, Z.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of PARP12 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Qi, J. / Shen, Z.

履歴

登録	2024年1月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xpx.cif.gz	98.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xpx.ent.gz	71.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xpx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xpx_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xpx_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	8xpx_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	8xpx_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/8xpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/8xpx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP12

B: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP12

ヘテロ分子

45.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP12

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP12

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.940, 74.930, 61.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.835, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP12 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 12 / ARTD12 / Poly [ADP-ribose] polymerase 12 / PARP- ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 12 / ARTD12 / Poly [ADP-ribose] polymerase 12 / PARP-12 / Zinc finger CCCH domain-containing protein 1 分子量: 22396.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP12, ZC3HDC1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9H0J9, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M NH4Ac, 0.1M Na3 Citrate pH5.2, 30% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→46.6 Å / Num. obs: 38860 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / R_merge(I) obs: 0.728 / Num. unique obs: 2153

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→46.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 2.495 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.104 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1942	1898	4.884 %
R_work	0.1636	36961	-
all	0.165	-	-
obs	-	38859	98.69 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.829 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.141 Å²	0 Å²	0.366 Å²
2-	-	0.068 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.539 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2970	0	50	300	3320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	3134
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2825
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.116	1.662	4236
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.396	1.584	6479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.237	5	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.273	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.441	10	491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.744	10	164
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.051	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	834
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.132	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.144	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.004	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.142	2.774	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.116	2.768	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.342	4.948	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.341	4.95	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.818	3.167	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.817	3.167	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.547	5.624	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.546	5.624	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.435	31.024	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.334	28.976	3477

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.75-1.795	0.327	129	0.267	2745	0.269	2889	0.938	0.952	99.4808	0.249
1.795-1.845	0.3	132	0.248	2669	0.251	2824	0.948	0.959	99.1855	0.225
1.845-1.898	0.241	148	0.219	2558	0.22	2740	0.964	0.968	98.7591	0.192
1.898-1.956	0.214	156	0.207	2476	0.208	2668	0.97	0.972	98.6507	0.181
1.956-2.02	0.207	128	0.178	2453	0.18	2600	0.973	0.979	99.2692	0.153
2.02-2.091	0.181	119	0.177	2360	0.177	2494	0.978	0.98	99.3986	0.156
2.091-2.17	0.19	111	0.164	2272	0.165	2403	0.977	0.983	99.1677	0.145
2.17-2.258	0.21	93	0.156	2205	0.158	2322	0.973	0.985	98.9664	0.14
2.258-2.358	0.184	107	0.145	2107	0.147	2254	0.98	0.986	98.2254	0.13
2.358-2.473	0.165	102	0.148	1995	0.149	2137	0.985	0.987	98.1282	0.138
2.473-2.607	0.218	124	0.156	1892	0.159	2037	0.972	0.986	98.9691	0.147
2.607-2.764	0.2	93	0.158	1798	0.16	1919	0.976	0.984	98.5409	0.152
2.764-2.954	0.189	92	0.155	1691	0.157	1805	0.978	0.985	98.7812	0.153
2.954-3.19	0.196	78	0.15	1587	0.152	1687	0.979	0.987	98.6959	0.152
3.19-3.493	0.172	70	0.154	1445	0.155	1549	0.981	0.987	97.805	0.165
3.493-3.902	0.167	75	0.146	1315	0.148	1412	0.986	0.988	98.4419	0.16
3.902-4.501	0.157	53	0.129	1171	0.131	1252	0.987	0.989	97.7636	0.147
4.501-5.499	0.148	32	0.145	1014	0.145	1070	0.988	0.989	97.757	0.169
5.499-7.723	0.269	27	0.202	774	0.204	828	0.974	0.982	96.7391	0.232
7.723-46.546	0.244	29	0.221	434	0.222	483	0.971	0.969	95.8592	0.293

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