PDB-8xpv: The Crystal Structure of EphA2 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xpv

タイトル

The Crystal Structure of EphA2 from Biortus.

要素

Ephrin type-A receptor 2

キーワード

TRANSFERASE / Host cell receptor for virus entry / Angiogenesis / ATP-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / regulation of blood vessel endothelial cell migration / leading edge membrane ...notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / regulation of blood vessel endothelial cell migration / leading edge membrane / negative regulation of chemokine production / post-anal tail morphogenesis / response to growth factor / bone remodeling / positive regulation of bicellular tight junction assembly / activation of GTPase activity / regulation of lamellipodium assembly / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / EPH-Ephrin signaling / tight junction / RND1 GTPase cycle / neural tube development / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / mammary gland epithelial cell proliferation / RHOV GTPase cycle / EPHA-mediated growth cone collapse / growth factor binding / regulation of cell adhesion mediated by integrin / lamellipodium membrane / RHOU GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / regulation of angiogenesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / vasculogenesis / keratinocyte differentiation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / RAC1 GTPase cycle / osteoclast differentiation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / molecular function activator activity / protein localization to plasma membrane / skeletal system development / cell chemotaxis / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cell motility / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / ruffle membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / neuron differentiation / osteoblast differentiation / cell migration / lamellipodium / virus receptor activity / angiogenesis / receptor complex / defense response to Gram-positive bacterium / cell adhesion / positive regulation of cell migration / cadherin binding / inflammatory response / focal adhesion / cell surface / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Xu, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of EphA2 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Xu, Y.

履歴

登録	2024年1月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xpv.cif.gz	80.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xpv.ent.gz	55.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xpv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/8xpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/8xpv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (4) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (4) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (6)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (4)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (4)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ephrin type-A receptor 2

ヘテロ分子

35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.931, 107.504, 40.691
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.686, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ephrin type-A receptor 2 / Epithelial cell kinase / Tyrosine-protein kinase receptor ECK 分子量: 34405.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHA2, ECK 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P29317, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-4Z5 / 1-(3,3-dimethylbutyl)-3-{2-fluoro-4-methyl-5-[7-methyl-2-(methylamino)pyrido[2,3-d]pyrimidin-6-yl]phenyl}urea / LY3009120 / 1-(2-フルオロ-4-メチル-5-(2-メチルアミノ-7-メチルピリド[2,3-d]ピリミジン-6-イル)フェニル)(以下略) 分子量: 424.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₉FN₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate HCl pH6.5, 18% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→38.576 Å / Num. obs: 37926 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / R_merge(I) obs: 0.844 / Num. unique obs: 1845

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→38.576 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 1.53 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.08 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1903	1935	5.107 %
R_work	0.1641	35956	-
all	0.165	-	-
obs	-	37891	97.69 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.476 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.541 Å²	-0 Å²	-0.257 Å²
2-	-	1.073 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.292 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→38.576 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2136	0	57	251	2444

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	2314
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2276
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.114	1.658	3129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.405	1.575	5241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.934	5	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	17.154	5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.714	10	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.769	10	98
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	537
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	440
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.141	1.673	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.136	1.673	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.941	2.985	1377
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.941	2.989	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.684	1.952	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.683	1.953	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.819	3.459	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.819	3.46	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.092	20.632	2743
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.809	18.45	2670

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.55-1.59	0.292	142	0.268	2599	0.269	2829	0.946	0.958	96.8894	0.246
1.59-1.634	0.269	137	0.246	2546	0.247	2820	0.96	0.965	95.1418	0.219
1.634-1.681	0.264	143	0.225	2517	0.227	2715	0.952	0.97	97.9742	0.199
1.681-1.733	0.218	133	0.201	2372	0.202	2640	0.97	0.975	94.8864	0.177
1.733-1.789	0.181	139	0.175	2352	0.175	2518	0.98	0.98	98.9277	0.154
1.789-1.852	0.197	122	0.172	2264	0.173	2483	0.975	0.981	96.0934	0.15
1.852-1.922	0.172	112	0.163	2217	0.163	2384	0.981	0.983	97.693	0.144
1.922-2	0.2	104	0.166	2148	0.168	2288	0.976	0.983	98.4266	0.151
2-2.089	0.18	99	0.158	2017	0.159	2185	0.98	0.986	96.8421	0.146
2.089-2.19	0.203	114	0.161	1983	0.163	2139	0.977	0.986	98.0365	0.15
2.19-2.308	0.198	106	0.156	1854	0.158	1976	0.98	0.986	99.1903	0.148
2.308-2.448	0.181	87	0.157	1756	0.158	1882	0.983	0.986	97.9277	0.151
2.448-2.616	0.204	84	0.157	1685	0.16	1800	0.972	0.985	98.2778	0.154
2.616-2.825	0.169	87	0.146	1550	0.147	1656	0.981	0.987	98.8527	0.145
2.825-3.093	0.171	87	0.143	1439	0.144	1541	0.985	0.988	99.0266	0.147
3.093-3.455	0.165	63	0.141	1291	0.142	1367	0.982	0.988	99.049	0.15
3.455-3.984	0.188	67	0.137	1167	0.14	1243	0.978	0.988	99.2759	0.149
3.984-4.866	0.175	53	0.139	980	0.141	1040	0.984	0.989	99.3269	0.155
4.866-6.828	0.174	35	0.196	777	0.195	813	0.986	0.984	99.877	0.212
6.828-38.576	0.151	21	0.188	442	0.186	467	0.985	0.98	99.1435	0.213

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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