PDB-8xpt: The Crystal Structure of EHMT1 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xpt

タイトル

The Crystal Structure of EHMT1 from Biortus.

要素

Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1

キーワード

TRANSFERASE / Chromatin regulator / Methyltransferase / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K27 methyltransferase activity / facultative heterochromatin formation / C2H2 zinc finger domain binding / protein-lysine N-methyltransferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Bao, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of EHMT1 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Bao, C.

履歴

登録	2024年1月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xpt.cif.gz	228.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xpt.ent.gz	174.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xpt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xpt_validation.pdf.gz	5.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xpt_full_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示
XML形式データ	8xpt_validation.xml.gz	37.7 KB	表示
CIF形式データ	8xpt_validation.cif.gz	49.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/8xpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/8xpt	HTTPS FTP

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関連構造データ

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#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
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#31 - 2002年7月
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類似性 (1)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
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類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1

B: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1

C: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1

D: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1

ヘテロ分子

134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1

C: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
67 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1

D: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.113, 94.638, 88.731
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.337, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	1007 - 1266	26 - 285
2	1	1	GLU	GLU	1007 - 1266	26 - 285
3	2	2	ILE	ILE	1009 - 1266	28 - 285
4	2	2	ILE	ILE	1009 - 1266	28 - 285
5	3	3	GLU	GLU	1007 - 1266	26 - 285
6	3	3	GLU	GLU	1007 - 1266	26 - 285
7	4	4	ILE	ILE	1009 - 1266	28 - 285
8	4	4	ILE	ILE	1009 - 1266	28 - 285
9	5	5	GLU	GLU	1007 - 1266	26 - 285
10	5	5	GLU	GLU	1007 - 1266	26 - 285
11	6	6	ILE	ILE	1009 - 1266	28 - 285
12	6	6	ILE	ILE	1009 - 1266	28 - 285

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1 / Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 1 / Eu-HMTase1 / G9a-like protein 1 / GLP / GLP1 / ...Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 1 / Eu-HMTase1 / G9a-like protein 1 / GLP / GLP1 / Histone H3-K9 methyltransferase 5 / H3-K9-HMTase 5 / Lysine N-methyltransferase 1D 分子量: 32830.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EHMT1, EUHMTASE1, GLP, KIAA1876, KMT1D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H9B1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 25% PEG MME 5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95355 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95355 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.35→48.415 Å / Num. obs: 16513 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.256 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 3.35→3.62 Å / R_merge(I) obs: 0.832 / Num. unique obs: 3495

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.35→48.415 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / SU B: 37.385 / SU ML: 0.558 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.68 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2623	798	4.837 %
R_work	0.1953	15701	-
all	0.198	-	-
obs	-	16499	87.264 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.887 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.757 Å²	-0 Å²	4.002 Å²
2-	-	-6.696 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.261 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.35→48.415 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8131	0	140	29	8300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	8513
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7644
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.086	1.669	11507
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.359	1.585	17504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.595	5	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.182	5	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	2.16	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.423	10	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	9.053	10	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.743	10	450
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10327
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	7680
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	4137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	4510
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.22	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.396	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.051	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.871	7.976	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.871	7.976	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.012	14.312	5026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.011	14.313	5027
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.913	8.423	4474
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.9	8.405	4458
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.052	15.353	6481
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.036	15.323	6458
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.035	96.856	33676
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.035	96.86	33677
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.091	0.05	7839
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.094	0.05	7945
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.082	0.05	7746
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.084	0.05	7751
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.087	0.05	7815
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.077	0.05	7739

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0913	0.05011
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0913	0.05011
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09423	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09423	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08165	0.05011
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08165	0.05011
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08378	0.05011
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08378	0.05011
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08694	0.05011
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08694	0.05011
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07656	0.05011
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07656	0.05011

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.35-3.437	0.326	73	0.337	1183	0.337	1387	0.905	0.902	90.5552	0.306
3.437-3.53	0.408	52	0.311	1172	0.315	1365	0.863	0.921	89.6703	0.285
3.53-3.632	0.411	38	0.27	1119	0.274	1282	0.911	0.943	90.2496	0.236
3.632-3.743	0.293	55	0.238	1097	0.241	1284	0.939	0.951	89.7196	0.197
3.743-3.865	0.256	64	0.214	1047	0.216	1262	0.951	0.965	88.0349	0.176
3.865-4	0.277	47	0.212	974	0.215	1161	0.954	0.967	87.9414	0.174
4-4.15	0.324	48	0.195	945	0.201	1150	0.929	0.974	86.3478	0.164
4.15-4.318	0.213	46	0.185	904	0.186	1125	0.97	0.976	84.4444	0.15
4.318-4.508	0.197	24	0.158	906	0.159	1070	0.974	0.983	86.9159	0.132
4.508-4.726	0.214	39	0.157	849	0.16	1025	0.965	0.983	86.6341	0.128
4.726-4.979	0.214	47	0.147	802	0.151	975	0.969	0.986	87.0769	0.115
4.979-5.278	0.253	37	0.149	733	0.154	917	0.961	0.987	83.9695	0.124
5.278-5.638	0.219	42	0.151	699	0.154	871	0.967	0.986	85.0746	0.125
5.638-6.082	0.22	39	0.157	667	0.161	814	0.974	0.985	86.7322	0.132
6.082-6.652	0.278	23	0.149	629	0.154	743	0.95	0.986	87.7524	0.123
6.652-7.42	0.273	28	0.142	566	0.148	683	0.953	0.986	86.9693	0.121
7.42-8.535	0.244	44	0.163	473	0.169	610	0.974	0.985	84.7541	0.149
8.535-10.373	0.31	18	0.168	418	0.174	511	0.942	0.985	85.3229	0.164
10.373-14.344	0.222	23	0.2	323	0.201	414	0.964	0.98	83.5749	0.195
14.344-48.415	0.176	11	0.213	195	0.21	252	0.978	0.978	81.746	0.21

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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