PDB-8xpn: The Crystal Structure of USP8 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xpn

タイトル

The Crystal Structure of USP8 from Biortus.

要素

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

キーワード

HYDROLASE / Protease / Thiol protease

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lysosomal protein catabolic process / acrosomal membrane / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / protein K48-linked deubiquitination / endosome organization / K48-linked deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / K63-linked deubiquitinase activity / positive regulation of amyloid fibril formation / mitotic cytokinesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Wang, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of USP8 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Wang, J.

履歴

登録	2024年1月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xpn.cif.gz	235 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xpn.ent.gz	178.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xpn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xpn_validation.pdf.gz	464.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xpn_full_validation.pdf.gz	469.3 KB	表示
XML形式データ	8xpn_validation.xml.gz	41.3 KB	表示
CIF形式データ	8xpn_validation.cif.gz	59.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/8xpn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/8xpn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8y9aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

ヘテロ分子

131 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.830, 109.342, 180.992
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / Deubiquitinating enzyme 8 / Ubiquitin isopeptidase Y / hUBPy / Ubiquitin thioesterase 8 / Ubiquitin- ...Deubiquitinating enzyme 8 / Ubiquitin isopeptidase Y / hUBPy / Ubiquitin thioesterase 8 / Ubiquitin-specific-processing protease 8 分子量: 43385.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP8, KIAA0055, UBPY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40818, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 2000 MME, 0.1M Bis-Tris propane pH6.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95355 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95355 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.777 Å / Num. obs: 67580 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / R_merge(I) obs: 0.973 / Num. unique obs: 4460

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→48.777 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / WR_factor R_free: 0.206 / WR_factor R_work: 0.168 / SU B: 4.611 / SU ML: 0.121 / Average fsc free: 0.9665 / Average fsc work: 0.9779 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216	3285	4.866 %
R_work	0.1765	64224	-
all	0.178	-	-
obs	-	67509	99.383 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.216 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.838 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.379 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.459 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.777 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8197	0	18	535	8750

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	8424
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7899
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.25	1.826	11346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.449	1.78	18171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.36	5	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.046	5	45
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.258	10	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	13.09	10	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.274	10	419
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	6907
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	4006
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	4357
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	488
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.138	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.395	3.484	4058
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.393	3.483	4057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.78	6.243	5060
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.78	6.243	5061
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.013	3.92	4366
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.013	3.92	4367
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.912	7.001	6283
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.912	7.001	6284
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.868	36.156	9339
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.853	35.301	9253

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.154	0.275	231	0.229	4660	0.231	4960	0.949	0.965	98.6089	0.208
2.154-2.213	0.248	264	0.216	4543	0.218	4827	0.961	0.969	99.5857	0.193
2.213-2.277	0.234	259	0.2	4378	0.202	4674	0.961	0.974	99.2084	0.176
2.277-2.347	0.24	211	0.192	4296	0.194	4551	0.965	0.976	99.0332	0.169
2.347-2.424	0.241	208	0.191	4198	0.194	4443	0.964	0.977	99.1672	0.167
2.424-2.509	0.232	176	0.188	4116	0.19	4306	0.963	0.978	99.6749	0.165
2.509-2.603	0.245	206	0.182	3906	0.185	4125	0.966	0.98	99.6848	0.16
2.603-2.709	0.244	199	0.189	3753	0.192	3976	0.965	0.979	99.3964	0.168
2.709-2.83	0.221	187	0.178	3628	0.18	3832	0.972	0.981	99.5564	0.16
2.83-2.967	0.227	177	0.184	3490	0.186	3680	0.969	0.979	99.6467	0.169
2.967-3.127	0.251	159	0.182	3332	0.185	3504	0.955	0.979	99.629	0.169
3.127-3.316	0.217	156	0.18	3164	0.182	3328	0.972	0.979	99.7596	0.171
3.316-3.544	0.231	146	0.168	2975	0.171	3132	0.966	0.982	99.6488	0.165
3.544-3.826	0.189	135	0.164	2786	0.165	2938	0.978	0.983	99.4214	0.164
3.826-4.188	0.197	140	0.154	2524	0.156	2698	0.977	0.985	98.7398	0.157
4.188-4.678	0.148	117	0.142	2336	0.142	2456	0.99	0.988	99.8779	0.149
4.678-5.394	0.191	109	0.149	2083	0.151	2198	0.977	0.988	99.727	0.159
5.394-6.586	0.223	89	0.193	1785	0.194	1884	0.975	0.981	99.4692	0.195
6.586-9.23	0.19	60	0.176	1423	0.177	1492	0.98	0.981	99.3968	0.182
9.23-48.777	0.232	56	0.19	848	0.192	915	0.968	0.978	98.7978	0.2

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)