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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xpn | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of USP8 from Biortus. | ||||||
![]() | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Protease / Thiol protease | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of lysosomal protein catabolic process / acrosomal membrane / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / protein K48-linked deubiquitination / endosome organization / K48-linked deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / K63-linked deubiquitinase activity / positive regulation of amyloid fibril formation / mitotic cytokinesis ...negative regulation of lysosomal protein catabolic process / acrosomal membrane / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / protein K48-linked deubiquitination / endosome organization / K48-linked deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / K63-linked deubiquitinase activity / positive regulation of amyloid fibril formation / mitotic cytokinesis / protein deubiquitination / cellular response to dexamethasone stimulus / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / cellular response to nerve growth factor stimulus / Negative regulation of MET activity / regulation of protein stability / SH3 domain binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of protein localization / midbody / ubiquitinyl hydrolase 1 / Ras protein signal transduction / cysteine-type deubiquitinase activity / early endosome / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / postsynaptic density / cadherin binding / cysteine-type endopeptidase activity / glutamatergic synapse / proteolysis / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Wang, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of USP8 from Biortus. 著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Lin, D. / Wang, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 235 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 469.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8y9aC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43385.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 2000 MME, 0.1M Bis-Tris propane pH6.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95355 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→48.777 Å / Num. obs: 67580 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.973 / Num. unique obs: 4460 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.216 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.777 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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