PDB-8xpg: The Crystal Structure of polo box domain of Plk4 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xpg

タイトル

The Crystal Structure of polo box domain of Plk4 from Biortus.

要素

Serine/threonine-protein kinase PLK4

キーワード

CELL CYCLE / Serine/threonine-protein kinase / Transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

de novo centriole assembly involved in multi-ciliated epithelial cell differentiation / procentriole / deuterosome / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / trophoblast giant cell differentiation / polo kinase / XY body / centriole replication / cleavage furrow ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Zhang, B.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of polo box domain of Plk4 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Zhang, B.

履歴

登録	2024年1月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xpg.cif.gz	109.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xpg.ent.gz	81.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xpg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xpg_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xpg_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8xpg_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	8xpg_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/8xpg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/8xpg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase PLK4

B: Serine/threonine-protein kinase PLK4

ヘテロ分子

53.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.304, 77.614, 120.644
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1044- HOH

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase PLK4 / Polo-like kinase 4 / PLK-4 / Serine/threonine-protein kinase 18 / Serine/threonine-protein kinase Sak 分子量: 26389.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLK4, SAK, STK18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00444, polo kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.00M Ammonium sulfate, 100mM TRIS, pH7.0, 200mM Lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→48.59 Å / Num. obs: 16692 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / R_merge(I) obs: 1.031 / Num. unique obs: 2170

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 12.593 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.436 / ESU R Free: 0.351 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2603	861	5.167 %
R_work	0.2086	15802	-
all	0.211	-	-
obs	-	16663	99.922 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.247 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.477 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.442 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.034 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3639	0	40	120	3799

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	3755
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3449
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.874	1.66	5075
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.296	1.563	8077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.845	5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.479	5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.047	10	690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.228	10	170
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.038	0.2	554
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	739
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	600
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	3060
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1782
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.121	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.128	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.193	6.448	1782
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.193	6.448	1782
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.277	9.664	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.276	9.665	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.171	6.949	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.136	6.886	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.313	10.24	2851
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.292	10.14	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.975	78.011	3952
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.965	77.318	3942

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.292	49	0.263	1169	X-RAY DIFFRACTION	99.7543
2.77-2.846	0.389	74	0.287	1087	X-RAY DIFFRACTION	99.9139
2.846-2.928	0.277	58	0.272	1079	X-RAY DIFFRACTION	99.8244
2.928-3.018	0.347	67	0.262	1047	X-RAY DIFFRACTION	99.9103
3.018-3.116	0.343	42	0.235	1049	X-RAY DIFFRACTION	99.9084
3.116-3.225	0.305	50	0.221	986	X-RAY DIFFRACTION	100
3.225-3.346	0.249	54	0.216	952	X-RAY DIFFRACTION	100
3.346-3.482	0.275	58	0.204	928	X-RAY DIFFRACTION	100
3.482-3.636	0.238	56	0.201	873	X-RAY DIFFRACTION	100
3.636-3.813	0.224	42	0.193	857	X-RAY DIFFRACTION	100
3.813-4.017	0.29	37	0.202	825	X-RAY DIFFRACTION	100
4.017-4.259	0.237	52	0.189	749	X-RAY DIFFRACTION	100
4.259-4.551	0.188	37	0.175	739	X-RAY DIFFRACTION	99.8713
4.551-4.912	0.249	43	0.171	686	X-RAY DIFFRACTION	100
4.912-5.375	0.37	24	0.208	631	X-RAY DIFFRACTION	100
5.375-6.001	0.327	36	0.255	586	X-RAY DIFFRACTION	100
6.001-6.911	0.307	21	0.24	526	X-RAY DIFFRACTION	100
6.911-8.422	0.17	23	0.177	444	X-RAY DIFFRACTION	100
8.422-11.736	0.157	24	0.144	356	X-RAY DIFFRACTION	100
11.736-48	0.31	14	0.31	233	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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