PDB-8xpf: 2OG-Fe(II) oxygenase-ColD in complex with collinodins

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xpf

タイトル

2OG-Fe(II) oxygenase-ColD in complex with collinodins

要素

2OG-Fe(II) oxygenase
small peptide

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Oxidase

機能・相同性

2-OXOGLUTARIC ACID / :

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces collinus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Zhang, B. / Shi, J. / Zhang, Y. / Ge, H.M.

資金援助

中国, 2件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81925033, 22193071, 81991522, 81991524, 22107048, and 22377052	中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)	2022YFC2804100, 2022YFC2303100, and 2018YFA0902000	中国

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Biosynthesis of Collinodin Unveils Iterative Oxidative and Prenylation Modifications
著者: Shi, J. / Zhang, Y. / Ren, W.Q. / Shi, Y. / Wei, Y.Y. / Zhang, B. / Jiao, R.H. / Ge, H.M.

履歴

登録	2024年1月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xpf.cif.gz	154.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xpf.ent.gz	119.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xpf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xpf_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xpf_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8xpf_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	8xpf_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/8xpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/8xpf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xp6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2OG-Fe(II) oxygenase

C: small peptide

ヘテロ分子

36.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2OG-Fe(II) oxygenase

C: small peptide

ヘテロ分子

A: 2OG-Fe(II) oxygenase

C: small peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.363, 61.010, 56.346
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.60, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	2OG-Fe(II) oxygenase 分子量: 34838.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces collinus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド	small peptide 分子量: 1637.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.01 M Cobalt (II) chloride hexahydrate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 1.8 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→53.58 Å / Num. obs: 58994 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / Num. unique obs: 8822 / CC_1/2: 0.64

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
autoPROC		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→48.54 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1838	2819	4.8 %
R_work	0.165	-	-
obs	0.1659	58760	96.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2381	0	12	394	2787

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2468
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.826	3370
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.534	881
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	364
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	437

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.3206	143	0.2935	2802	X-RAY DIFFRACTION	95
1.52-1.55	0.2574	149	0.2505	2767	X-RAY DIFFRACTION	98
1.55-1.58	0.2145	145	0.1957	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.61	0.2149	146	0.1788	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.65	0.1917	146	0.1696	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.69	0.209	146	0.1634	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.218	149	0.1609	2918	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.78	0.1687	136	0.1563	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.83	0.1713	129	0.1601	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.89	0.2092	149	0.1674	2893	X-RAY DIFFRACTION	99
1.89-1.95	0.2003	117	0.1891	2105	X-RAY DIFFRACTION	74
1.95-2.03	0.1695	146	0.1608	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.12	0.1967	165	0.1552	2842	X-RAY DIFFRACTION	99
2.12-2.24	0.1796	164	0.1578	2830	X-RAY DIFFRACTION	99
2.24-2.38	0.1724	118	0.1611	2250	X-RAY DIFFRACTION	77
2.38-2.56	0.2011	111	0.1635	2944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.82	0.1971	125	0.1764	2912	X-RAY DIFFRACTION	99
2.82-3.23	0.1721	163	0.1688	2873	X-RAY DIFFRACTION	99
3.23-4.06	0.171	142	0.1518	2634	X-RAY DIFFRACTION	89
4.06-48.54	0.1701	130	0.1588	2857	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 12.9894 Å / Origin y: -10.2364 Å / Origin z: 6.8799 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1448 Å²	-0.0103 Å²	-0.0168 Å²	-	0.1572 Å²	-0.0119 Å²	-	-	0.1409 Å²
L	1.8037 °²	-0.2661 °²	-0.588 °²	-	0.6809 °²	0.0378 °²	-	-	1.1679 °²
S	-0.0492 Å °	-0.2331 Å °	-0.0857 Å °	0.0473 Å °	0.0411 Å °	-0.0564 Å °	-0.0014 Å °	0.1589 Å °	0.0079 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)