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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xpc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Tris-bound TsaBgl (DATA I) | ||||||
![]() | beta-glucosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / inhibitor / Tris / bgl | ||||||
機能・相同性 | ![]() scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nam, K.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of Tris binding in beta-glucosidases. 著者: Nam, K.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 816.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 816.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8xpdC ![]() 8xpeC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51791.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Tsac_2208 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-TRS / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.96 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, polyethylene glycol 4000, MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 65751 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 16.89 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / Num. unique obs: 3021 / CC1/2: 0.644 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→49.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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