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- PDB-8xpb: Crystal structure of d(ACGCCGT/ACGGCGT) in complex with Echinomycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xpb
タイトルCrystal structure of d(ACGCCGT/ACGGCGT) in complex with Echinomycin
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*CP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*GP*CP*GP*T)-3')
  • Echinomycin
キーワードDNA/ANTIBIOTIC / complex / DNA / DNA-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性Echinomycin / : / 2-CARBOXYQUINOXALINE / DNA
機能・相同性情報
生物種Streptomyces echinatus. (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hou, M.H. / Huang, H.T. / Lin, S.M. / Neidle, S.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structural basis of water-mediated cis Watson-Crick/Hoogsteen base-pair formation in non-CpG methylation.
著者: Lin, S.M. / Huang, H.T. / Fang, P.J. / Chang, C.F. / Satange, R. / Chang, C.K. / Chou, S.H. / Neidle, S. / Hou, M.H.
履歴
登録2024年1月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*GP*CP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*CP*GP*T)-3')
D: Echinomycin
E: Echinomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,71611
ポリマ－5,8554
非ポリマー8617
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.317, 46.317, 47.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*GP*CP*GP*T)-3')


分子量: 2138.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*CP*GP*T)-3')


分子量: 2098.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 DE

#3: タンパク質・ペプチド Echinomycin


タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 809.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ...詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5.
由来: (天然) Streptomyces echinatus. (バクテリア) / 参照: Echinomycin

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非ポリマー , 3種, 27分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物
ChemComp-QUI / 2-CARBOXYQUINOXALINE / キノキサリン-2-カルボン酸


タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 174.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6N2O2
詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ...詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5.
参照: Echinomycin
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. ...THE ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. HERE, ECHINOMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND TWO LIGANDS (HET) QUI.
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20mM MES (pH 6), 10mM Spermine HCl, 1% PEG 200, 10mM MnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 4107 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.0710.40.4834100.9780.9940.1560.5081.089100
2.07-2.1510.80.3874030.980.9950.1230.4061.131100
2.15-2.2511.10.3043980.990.9980.0950.3191.141100
2.25-2.3711.10.1914100.9950.9990.0610.2011.147100
2.37-2.52110.1334060.99810.0420.141.179100
2.52-2.7111.10.1334010.9970.9990.0420.1391.091100
2.71-2.99110.0724160.99910.0230.0760.989100
2.99-3.4210.90.035404110.0110.0361.057100
3.42-4.3110.80.0434180.99910.0140.0450.906100
4.31-3010.20.026441110.0080.0270.96999.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20.86 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2159 404 9.97 %
Rwork0.2107 --
obs0.2116 4052 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 281 157 20 458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.061
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d32.355146
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.17372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00938
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.290.331290.26931213X-RAY DIFFRACTION99
2.29-2.880.27841360.27091206X-RAY DIFFRACTION99
2.89-100.17631390.17631229X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.41590.6419-0.74664.9849-1.13834.11040.35120.7325-0.27930.4190.03160.22760.6611-0.5123-0.29190.3911-0.08030.01610.3407-0.05970.329433.867212.291946.141
25.5720.9937-1.93125.0113-0.09144.90290.76170.20780.19530.5332-0.2506-0.3128-0.05260.7474-0.51410.2659-0.0307-0.03990.46280.06140.363941.951816.956149.841
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 7 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 7 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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