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- PDB-8xoy: The Crystal Structure of PTP1B from Biortus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xoy
タイトルThe Crystal Structure of PTP1B from Biortus.
要素Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1
キーワードHYDROLASE / Protein phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


PTK6 Down-Regulation / regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / mitochondrial crista / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway ...PTK6 Down-Regulation / regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / mitochondrial crista / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / sorting endosome / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / positive regulation of JUN kinase activity / positive regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of MAP kinase activity / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / regulation of endocytosis / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / Regulation of IFNA/IFNB signaling / cellular response to angiotensin / regulation of proteolysis / regulation of postsynapse assembly / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of cell-substrate adhesion / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / cellular response to unfolded protein / regulation of signal transduction / Regulation of IFNG signaling / negative regulation of signal transduction / Growth hormone receptor signaling / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of heart rate / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / endoplasmic reticulum unfolded protein response / protein dephosphorylation / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / ephrin receptor binding / Insulin receptor recycling / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / Integrin signaling / protein-tyrosine-phosphatase / cellular response to nitric oxide / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / protein tyrosine phosphatase activity / protein phosphatase 2A binding / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / endosome lumen / Negative regulation of MET activity / insulin receptor binding / response to nutrient levels / cellular response to nerve growth factor stimulus / receptor tyrosine kinase binding / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / insulin receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / actin cytoskeleton organization / cellular response to hypoxia / early endosome / postsynapse / cadherin binding / mitochondrial matrix / negative regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-1/2 / : / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-1/2 / : / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Li, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of PTP1B from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Meng, Q. / Li, J.
履歴
登録2024年1月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,10314
ポリマ－37,4071
非ポリマー69613
水7,350408
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.148, 88.148, 103.396
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1 / Protein-tyrosine phosphatase 1B / PTP-1B


分子量: 37406.625 Da / 分子数: 1 / 変異: C215S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN1, PTP1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18031, protein-tyrosine-phosphatase

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非ポリマー , 5種, 421分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Bis-Tris pH6.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→44.07 Å / Num. obs: 67746 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 1.013 / Num. unique obs: 3347

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→44.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.181 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1841 3409 5.035 %
Rwork0.1591 64293 -
all0.16 --
obs-67702 99.876 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 18.053 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.043 Å20.021 Å20 Å2
2--0.043 Å2-0 Å2
3----0.138 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→44.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2446 0 38 409 2893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0122608
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.663522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5061.5845708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9365326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.361517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.80410491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.07310130
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023067
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02597
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1810.22264
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.21277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.21328
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2317
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.4750.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.140.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1430.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2250.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6711.6951230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6631.6941230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6313.0331544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6353.0381545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.92.0991378
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8992.11379
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6733.6431965
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6723.6451966
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.83322.1283166
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.54817.1283000
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.590.272490.2724691X-RAY DIFFRACTION99.9595
1.59-1.6340.2552400.2484606X-RAY DIFFRACTION100
1.634-1.6810.2722030.2294474X-RAY DIFFRACTION100
1.681-1.7330.2162440.2064334X-RAY DIFFRACTION100
1.733-1.7890.212250.1834222X-RAY DIFFRACTION100
1.789-1.8520.2122220.1694038X-RAY DIFFRACTION100
1.852-1.9220.2072180.1623949X-RAY DIFFRACTION100
1.922-20.1761930.1633798X-RAY DIFFRACTION100
2-2.0890.1691850.1553632X-RAY DIFFRACTION100
2.089-2.1910.1881860.1583501X-RAY DIFFRACTION100
2.191-2.3090.1791800.1523305X-RAY DIFFRACTION99.9426
2.309-2.4490.1971560.1483158X-RAY DIFFRACTION99.9397
2.449-2.6170.1541540.1442954X-RAY DIFFRACTION99.9036
2.617-2.8260.1771630.1392745X-RAY DIFFRACTION99.8969
2.826-3.0940.1581300.142557X-RAY DIFFRACTION99.7032
3.094-3.4570.1731230.1422341X-RAY DIFFRACTION99.7975
3.457-3.9880.1661220.1282028X-RAY DIFFRACTION99.0783
3.988-4.8750.15770.1331770X-RAY DIFFRACTION98.9818
4.875-6.8520.201940.1821362X-RAY DIFFRACTION99.3179
6.852-44.070.165450.182828X-RAY DIFFRACTION99.2045

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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