PDB-8xox: The Crystal Structure of FAK2 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xox

タイトル

The Crystal Structure of FAK2 from Biortus.

要素

Protein-tyrosine kinase 2-beta

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Adaptive immunity / ATP-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of macrophage chemotaxis / neurotransmitter receptor regulator activity / positive regulation of B cell chemotaxis / marginal zone B cell differentiation / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / endothelin receptor signaling pathway / negative regulation of myeloid cell differentiation / negative regulation of bone mineralization / cortical cytoskeleton organization / regulation of postsynaptic density assembly ...regulation of macrophage chemotaxis / neurotransmitter receptor regulator activity / positive regulation of B cell chemotaxis / marginal zone B cell differentiation / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / endothelin receptor signaling pathway / negative regulation of myeloid cell differentiation / negative regulation of bone mineralization / cortical cytoskeleton organization / regulation of postsynaptic density assembly / activation of Janus kinase activity / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cellular response to fluid shear stress / apical dendrite / signal complex assembly / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / sprouting angiogenesis / Interleukin-2 signaling / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of protein kinase activity / Signal regulatory protein family interactions / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / NMDA selective glutamate receptor complex / positive regulation of cell-matrix adhesion / Golgi organization / RHOU GTPase cycle / positive regulation of actin filament polymerization / negative regulation of potassium ion transport / signaling receptor activator activity / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / bone resorption / cellular defense response / regulation of cell adhesion / postsynaptic density, intracellular component / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to retinoic acid / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of endothelial cell migration / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / ionotropic glutamate receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / positive regulation of neuron projection development / regulation of synaptic plasticity / VEGFA-VEGFR2 Pathway / positive regulation of JNK cascade / neuron migration / epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / protein autophosphorylation / long-term synaptic potentiation / regulation of cell shape / lamellipodium / growth cone / presynapse / protein tyrosine kinase activity / cell body / protein-containing complex assembly / cell cortex / negative regulation of neuron apoptotic process / adaptive immune response / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / postsynaptic density / positive regulation of cell migration / negative regulation of cell population proliferation / focal adhesion / neuronal cell body / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / signal transduction / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Wang, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of FAK2 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Wang, J.

履歴

登録	2024年1月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xox.cif.gz	77 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xox.ent.gz	53 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xox.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/8xox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/8xox	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (8) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Protein-tyrosine kinase 2-beta

ヘテロ分子

32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.797, 59.132, 67.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.033, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein-tyrosine kinase 2-beta / Calcium-dependent tyrosine kinase / CADTK / Calcium-regulated non-receptor proline-rich tyrosine ...Calcium-dependent tyrosine kinase / CADTK / Calcium-regulated non-receptor proline-rich tyrosine kinase / Cell adhesion kinase beta / CAK-beta / CAKB / Focal adhesion kinase 2 / FADK 2 / Proline-rich tyrosine kinase 2 / Related adhesion focal tyrosine kinase / RAFTK 分子量: 32190.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTK2B, FAK2, PYK2, RAFTK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q14289, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-YAM / N-methyl-N-{3-[({2-[(2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-5-yl)amino]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-4-yl}amino)methyl]pyridin-2-yl}methanesulfonamide 分子量: 507.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₀F₃N₇O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M LiCl2, 0.1M Tris pH8.0, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953732 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953732 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→44.384 Å / Num. obs: 23394 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / R_merge(I) obs: 0.701 / Num. unique obs: 1465

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→44.384 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 3.636 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.146 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2298	1141	4.881 %
R_work	0.1693	22237	-
all	0.172	-	-
obs	-	23378	99.782 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.469 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.822 Å²	-0 Å²	-1.269 Å²
2-	-	1.868 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.175 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.384 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2115	0	47	207	2369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2240
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2147
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.398	1.66	3039
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.48	1.577	4964
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.777	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.993	9.688	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	12.534	20	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.911	10	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.879	10	97
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	492
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	469
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.272	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.68	2.693	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.674	2.692	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.634	4.821	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.636	4.824	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.045	3.262	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.044	3.264	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.441	5.722	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.439	5.723	1721
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.719	31.573	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.7	30.31	2582

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.283	76	0.261	1626	X-RAY DIFFRACTION	98.2112
1.949-2.003	0.296	80	0.226	1595	X-RAY DIFFRACTION	99.8807
2.003-2.061	0.297	79	0.208	1538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.061-2.124	0.249	74	0.188	1519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.124-2.193	0.228	72	0.187	1454	X-RAY DIFFRACTION	99.9345
2.193-2.27	0.269	93	0.178	1377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.356	0.249	57	0.171	1404	X-RAY DIFFRACTION	100
2.356-2.451	0.232	60	0.162	1291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.451-2.56	0.226	68	0.163	1275	X-RAY DIFFRACTION	99.9256
2.56-2.685	0.257	66	0.165	1215	X-RAY DIFFRACTION	99.922
2.685-2.829	0.242	59	0.17	1144	X-RAY DIFFRACTION	100
2.829-3	0.313	41	0.173	1079	X-RAY DIFFRACTION	99.6441
3-3.206	0.207	47	0.168	1052	X-RAY DIFFRACTION	99.9091
3.206-3.462	0.206	55	0.169	942	X-RAY DIFFRACTION	99.6004
3.462-3.79	0.166	44	0.158	886	X-RAY DIFFRACTION	99.8926
3.79-4.233	0.219	53	0.151	786	X-RAY DIFFRACTION	99.881
4.233-4.881	0.22	40	0.132	700	X-RAY DIFFRACTION	100
4.881-5.96	0.236	41	0.164	594	X-RAY DIFFRACTION	99.8428
5.96-8.353	0.205	21	0.171	475	X-RAY DIFFRACTION	99.7988

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関連情報:EMDBヘッダ

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