PDB-8xoq: Human Calcium and Integrin Binding Protein 2 (CIB2) Fusion to TMC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xoq

タイトル

Human Calcium and Integrin Binding Protein 2 (CIB2) Fusion to TMC1 CBD-1 domain at 2.4 Angstroms resolution

要素

Transmembrane channel-like protein 1,Calcium and integrin-binding family member 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / CIB2

機能・相同性

機能・相同性情報

vestibular reflex / muscle tendon junction / cuticular plate / stereocilium tip / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / auditory receptor cell development / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / stereocilium / regulation of calcium ion transmembrane transport / photoreceptor cell maintenance ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Li, Y.H. / Chen, J.S. / Zhang, X. / Wang, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into calcium-dependent CIB2-TMC1 interaction in hair cell mechanotransduction.
著者: Li, Y. / Chen, J. / Jiang, W. / Ye, J. / Zhang, X. / Wang, C.

履歴

登録	2024年1月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xoq.cif.gz	111 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xoq.ent.gz	83.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xoq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xoq_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xoq_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8xoq_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	8xoq_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/8xoq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/8xoq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transmembrane channel-like protein 1,Calcium and integrin-binding family member 2

B: Transmembrane channel-like protein 1,Calcium and integrin-binding family member 2

ヘテロ分子

57.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transmembrane channel-like protein 1,Calcium and integrin-binding family member 2

ヘテロ分子

B: Transmembrane channel-like protein 1,Calcium and integrin-binding family member 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.065, 121.849, 62.208
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.74, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Transmembrane channel-like protein 1,Calcium and integrin-binding family member 2 / Transmembrane cochlear-expressed protein 1 / Kinase-interacting protein 2 / KIP 2 分子量: 28686.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMC1, CIB2, KIP2 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q8TDI8, UniProt: O75838
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% (w/v) Polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris (pH 8.5), 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 18424 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.98 / CC star: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.134 / Χ²: 0.977 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 115387

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.4-2.44	5.4	0.263	946	0.948	0.987	0.119	0.289	0.816	99.5
2.44-2.49	5.4	0.254	907	0.948	0.987	0.116	0.28	0.876	99.7
2.49-2.53	5.5	0.266	905	0.911	0.976	0.123	0.294	0.8	99.3
2.53-2.59	5.6	0.24	931	0.95	0.987	0.11	0.264	0.959	99.9
2.59-2.64	5.6	0.231	933	0.962	0.99	0.105	0.254	0.926	99.6
2.64-2.7	5.8	0.225	905	0.966	0.991	0.101	0.247	0.969	99.2
2.7-2.77	5.5	0.224	871	0.966	0.991	0.104	0.248	1.073	98.4
2.77-2.85	5.8	0.229	935	0.965	0.991	0.106	0.253	1.105	99.2
2.85-2.93	6.3	0.21	941	0.974	0.993	0.091	0.229	1.073	99.9
2.93-3.02	6.5	0.214	889	0.974	0.993	0.091	0.233	1.006	99.8
3.02-3.13	6.6	0.207	940	0.979	0.995	0.088	0.225	0.992	99.5
3.13-3.26	6.6	0.188	919	0.985	0.996	0.079	0.204	1.036	99.9
3.26-3.41	6.3	0.155	907	0.981	0.995	0.066	0.169	1.07	99.5
3.41-3.58	6.8	0.139	944	0.988	0.997	0.057	0.15	0.962	99.6
3.58-3.81	7.1	0.116	898	0.991	0.998	0.047	0.125	0.924	99.7
3.81-4.1	7	0.097	939	0.993	0.998	0.039	0.105	0.985	99.7
4.1-4.52	6.6	0.083	919	0.992	0.998	0.035	0.09	0.899	98.4
4.52-5.17	7.1	0.082	923	0.993	0.998	0.033	0.089	0.905	99.9
5.17-6.51	6.9	0.088	933	0.99	0.997	0.036	0.096	1.008	99.7
6.51-50	6.8	0.111	939	0.975	0.994	0.046	0.12	1.099	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.41→43.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 8.575 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.72 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24223	908	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20133	-	-	-
obs	0.20334	17492	99.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.379 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.41→43.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3806	0	4	88	3898

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	3889
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.258	1.86	5226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.493	1.791	8702
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.916	5	465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.341	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.833	10	752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	576
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	837
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.41	3.759	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.409	3.758	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.766	6.76	2335
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.767	6.76	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.009	4.037	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.009	4.037	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.908	7.289	2892
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.418	49.1	4311
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.418	49.16	4300
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.41→2.468 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	86	-
R_work	0.219	1259	-
obs	-	-	95.39 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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