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万見
- PDB-8xod: ThDP-dependent HKA synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xod
タイトルThDP-dependent HKA synthase
要素BbmA-G484F complex with CBOA
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / ThDP-dependent HKA synthase / mutant of BbmA
機能・相同性: / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / THIAMINE DIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Brevibacillus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Yu, J.H. / Liu, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2025
タイトル: Structural insights into two thiamine diphosphate-dependent enzymes and their synthetic applications in carbon-carbon linkage reactions.
著者: Liu, T. / Wang, G. / Yu, J. / Li, M. / Peng, T. / Wang, J. / Li, H. / Su, X.D. / Jiang, C. / Ye, M. / Yang, D. / Ma, M.
履歴
登録2024年1月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BbmA-G484F complex with CBOA
B: BbmA-G484F complex with CBOA
C: BbmA-G484F complex with CBOA
D: BbmA-G484F complex with CBOA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,63815
ポリマ－249,9034
非ポリマー3,73511
水1267
1
A: BbmA-G484F complex with CBOA
D: BbmA-G484F complex with CBOA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,8738
ポリマ－124,9522
非ポリマー1,9226
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8460 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area33730 Å2
手法PISA
2
B: BbmA-G484F complex with CBOA
C: BbmA-G484F complex with CBOA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,7657
ポリマ－124,9522
非ポリマー1,8135
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9300 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area33760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.935, 116.695, 201.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
BbmA-G484F complex with CBOA


分子量: 62475.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brevibacillus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 18分子

#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-A1LX0 / 2-[3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-2-[(~{R})-cyclobutyl(oxidanyl)methyl]-4-methyl-1,3-thiazol-5-yl]ethyl phosphono hydrogen phosphate


分子量: 509.431 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N4O8P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.58 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 24% polyethlene glycol 400, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→24.94 Å / Num. obs: 59507 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.75→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.619 / Num. unique obs: 4562

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.1.17.3360精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.75→24.94 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2864 --
Rwork0.203 --
obs-59507 99.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→24.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15846 0 233 7 16086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013716443
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.489122395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09352565
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00922861
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.89035923

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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