PDB-8xna: Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xna

タイトル

Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase 2

要素

Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

BRISC complex / L-allo-threonine aldolase activity / regulation of mitochondrial translation / glycine metabolic process / L-serine metabolic process / regulation of oxidative phosphorylation / L-serine biosynthetic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Fan, S. / Lv, R. / Wang, C. / Tang, M. / Wei, X. / Jin, Y. / Yang, Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase 2
著者: Fan, S. / Lv, R. / Wang, C. / Tang, M. / Wei, X. / Jin, Y. / Yang, Z.

履歴

登録	2023年12月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xna.cif.gz	198.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xna.ent.gz	152.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xna.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/8xna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/8xna	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial

B: Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.605, 160.605, 210.404
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 43 - 503 / Label seq-ID: 43 - 503

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial / SHMT / Glycine hydroxymethyltransferase / Serine methylase 分子量: 56295.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHMT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P34897, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.64 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M (NH4) tartrate pH 7.0, 12% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.8→49.38 Å / Num. obs: 16314 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 18.9 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 3.8→4.25 Å / Num. unique obs: 4525 / CC_1/2: 0.963

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.8→49.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 35.629 / SU ML: 0.458 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.702 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2643	823	5.052 %
R_work	0.198	15466	-
all	0.201	-	-
obs	-	16289	99.275 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.203 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.855 Å²	2.927 Å²	0 Å²
2-	-	5.855 Å²	0 Å²
3-	-	-	-18.993 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.8→49.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7250	0	0	19	7269

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	7398
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	7061
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.236	1.646	10013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.194	1.58	16221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.032	5	923
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.428	20.725	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.964	15	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.607	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8427
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.169	0.2	6869
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	3605
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	3684
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.083	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.77	10.355	3698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.77	10.354	3697
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.18	15.535	4619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.179	15.536	4620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.385	10.808	3700
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.384	10.808	3700
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.95	16.042	5394
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.95	16.042	5394
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.708	198.114	30635
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.708	198.106	30634
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.093	0.05	14723

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09277	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09277	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.8-3.899	0.4	51	0.433	1132	X-RAY DIFFRACTION	99.0787
3.899-4.005	0.423	63	0.356	1071	X-RAY DIFFRACTION	98.6945
4.005-4.121	0.33	50	0.291	1055	X-RAY DIFFRACTION	98.8372
4.121-4.248	0.34	58	0.24	1027	X-RAY DIFFRACTION	99.359
4.248-4.387	0.252	54	0.226	983	X-RAY DIFFRACTION	99.1396
4.387-4.541	0.313	55	0.197	967	X-RAY DIFFRACTION	99.2233
4.541-4.712	0.187	48	0.163	957	X-RAY DIFFRACTION	99.8014
4.712-4.905	0.275	44	0.148	904	X-RAY DIFFRACTION	99.5798
4.905-5.122	0.241	41	0.151	874	X-RAY DIFFRACTION	99.6732
5.122-5.372	0.229	29	0.156	864	X-RAY DIFFRACTION	99.7765
5.372-5.662	0.202	42	0.136	792	X-RAY DIFFRACTION	99.7608
5.662-6.005	0.293	42	0.141	764	X-RAY DIFFRACTION	99.6292
6.005-6.419	0.215	44	0.148	709	X-RAY DIFFRACTION	99.7351
6.419-6.932	0.221	41	0.153	671	X-RAY DIFFRACTION	100
6.932-7.592	0.212	43	0.161	617	X-RAY DIFFRACTION	99.6979
7.592-8.484	0.22	37	0.117	563	X-RAY DIFFRACTION	99.6678
8.484-9.791	0.17	28	0.126	507	X-RAY DIFFRACTION	99.2579
9.791-11.977	0.229	23	0.135	443	X-RAY DIFFRACTION	99.3603
11.977-16.875	0.215	18	0.192	356	X-RAY DIFFRACTION	98.9418
16.875-49.38	0.351	12	0.325	210	X-RAY DIFFRACTION	90.6122

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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