PDB-8xn6: The Crystal Structure of GSK3b from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xn6

タイトル

The Crystal Structure of GSK3b from Biortus.

要素

Glycogen synthase kinase-3 beta

キーワード

TRANSFERASE / Photosynthesis

機能・相同性

PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Trieres chinensis (珪藻)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Wu, B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of GSK3b from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Wu, B.

履歴

登録	2023年12月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xn6.cif.gz	171.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xn6.ent.gz	128.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xn6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xn6_validation.pdf.gz	6.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xn6_full_validation.pdf.gz	6.8 MB	表示
XML形式データ	8xn6_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	8xn6_validation.cif.gz	42.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/8xn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/8xn6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycogen synthase kinase-3 beta

B: Glycogen synthase kinase-3 beta

ヘテロ分子

96.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.694, 85.429, 178.091
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glycogen synthase kinase-3 beta 分子量: 46784.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trieres chinensis (珪藻) / 遺伝子: GSK3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 304分子

#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG 3350, 5% Glycerol, 20mM MgCl2, 100mM Hepes pH 7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953725 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953725 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→48.75 Å / Num. obs: 50034 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.48 Å / R_merge(I) obs: 1.039 / Num. unique obs: 3441

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→42.751 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 7.818 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.212 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2424	2516	5.029 %
R_work	0.1917	47518	-
all	0.194	-	-
obs	-	50034	99.763 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.962 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.789 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.097 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.885 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.751 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5676	0	157	279	6112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	5965
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5739
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.209	1.667	8069
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.087	1.576	13222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.158	5	708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.186	21.046	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.101	15	990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.453	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	770
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.033	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.2	5070
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	2853
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	2829
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.066	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.129	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.931	6.106	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.93	6.105	2834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.922	9.147	3539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.922	9.149	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.003	6.606	3130
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.002	6.606	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.945	9.675	4529
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.944	9.675	4530
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.123	111.543	23330
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.124	111.614	23202

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.346	202	0.293	3441	X-RAY DIFFRACTION	99.8356
2.462-2.53	0.299	194	0.28	3389	X-RAY DIFFRACTION	99.9442
2.53-2.603	0.322	179	0.253	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.683	0.278	165	0.239	3200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.683-2.771	0.25	146	0.22	3122	X-RAY DIFFRACTION	99.7254
2.771-2.868	0.246	135	0.217	2998	X-RAY DIFFRACTION	99.3657
2.868-2.976	0.264	175	0.21	2883	X-RAY DIFFRACTION	99.674
2.976-3.098	0.275	163	0.196	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.8976
3.098-3.235	0.253	130	0.193	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.8942
3.235-3.393	0.217	138	0.186	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.9268
3.393-3.576	0.193	117	0.18	2479	X-RAY DIFFRACTION	99.8462
3.576-3.793	0.206	121	0.173	2312	X-RAY DIFFRACTION	99.9589
3.793-4.054	0.232	127	0.168	2183	X-RAY DIFFRACTION	99.6119
4.054-4.378	0.198	119	0.158	2026	X-RAY DIFFRACTION	99.5822
4.378-4.795	0.217	83	0.155	1914	X-RAY DIFFRACTION	100
4.795-5.359	0.244	99	0.171	1727	X-RAY DIFFRACTION	100
5.359-6.184	0.268	75	0.191	1532	X-RAY DIFFRACTION	99.8757
6.184-7.565	0.27	75	0.198	1310	X-RAY DIFFRACTION	99.4257
7.565-10	0.169	43	0.155	1049	X-RAY DIFFRACTION	99.0027

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 304分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 304分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 304分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)