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万見
- PDB-8xm3: Methionyl-tRNA synthetase from Staphylococcus aureus complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xm3
タイトルMethionyl-tRNA synthetase from Staphylococcus aureus complexed with a chlorhexidine derivative and ATP
要素Methionine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / MetRS / methionyl-tRNA synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / tRNA-binding domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Putative tRNA binding domain / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / tRNA-binding domain profile. ...Methionyl-tRNA synthetase, beta subunit, C-terminal / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / tRNA-binding domain / Methionyl/Valyl/Leucyl/Isoleucyl-tRNA synthetase, anticodon-binding / Putative tRNA binding domain / Anticodon-binding domain of tRNA ligase / tRNA-binding domain profile. / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Lu, F. / Xia, K. / Yi, J. / Chen, B. / Luo, Z. / Xu, J. / Gu, Q. / Zhou, H.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2217714 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22207133 中国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Biochemical and structural characterization of chlorhexidine as an ATP-assisted inhibitor against type 1 methionyl-tRNA synthetase from Gram-positive bacteria.
著者: Lu, F. / Xia, K. / Su, J. / Yi, J. / Luo, Z. / Xu, J. / Gu, Q. / Chen, B. / Zhou, H.
履歴
登録2023年12月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5664
ポリマ－61,1041
非ポリマー1,4623
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.780, 114.780, 79.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Methionine--tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS


分子量: 61103.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: metG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5HII6, methionine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-A1LV5 / 1-(4-chlorophenyl)-3-[~{N}-[4-[[~{N}-[~{N}-(4-chlorophenyl)carbamimidoyl]carbamimidoyl]amino]butyl]carbamimidoyl]guanidine


分子量: 477.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26Cl2N10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.7, 16% w/v PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→62.23 Å / Num. obs: 39246 / % possible obs: 84.7 % / 冗長度: 10 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 20.2 / Num. measured all: 391195
反射 シェル解像度: 1.92→2.03 Å / % possible obs: 73.1 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.848 / Num. measured all: 49241 / Num. unique obs: 4896 / CC1/2: 0.844 / Rpim(I) all: 0.278 / Rrim(I) all: 0.893 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I) obs: 2.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
autoPROCデータスケーリング
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→62.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 7.038 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22075 1951 5 %RANDOM
Rwork0.19113 ---
obs0.1926 37268 84.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.149 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0.02 Å2-0 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.92→62.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4201 0 95 212 4508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194445
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.023979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2421.9676041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96139242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4985518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.26624.593209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.95215732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.521518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2637
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025049
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02931
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7782.972075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7772.9692074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.374.452592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3694.4512593
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6853.0342366
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6853.0352367
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.224.5113448
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.79434.0355047
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.67733.935010
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.925→1.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 106 -
Rwork0.274 1479 -
obs--46.77 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.0309 Å / Origin y: 46.3746 Å / Origin z: 10.9624 Å
111213212223313233
T0.0202 Å2-0.0001 Å2-0.0088 Å2-0.0412 Å20.0062 Å2--0.0122 Å2
L0.2088 °2-0.1844 °20.0891 °2-0.2566 °2-0.1325 °2--0.0721 °2
S-0.0041 Å °-0.0037 Å °-0.013 Å °0.0145 Å °-0.0095 Å °-0.0184 Å °-0.0147 Å °0.0003 Å °0.0136 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 115
2X-RAY DIFFRACTION1A116 - 152
3X-RAY DIFFRACTION1A153 - 266
4X-RAY DIFFRACTION1A267 - 318
5X-RAY DIFFRACTION1A319 - 362
6X-RAY DIFFRACTION1A363 - 520

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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