PDB-8xla: Mismatch Repair Complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xla

タイトル

Mismatch Repair Complex

要素

Beta sliding clamp
DNA mismatch repair protein MutL

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA Mismatch Repair / Endonuclease / processivity clamp

機能・相同性

機能・相同性情報

mismatch repair complex / mismatched DNA binding / DNA polymerase III complex / ATP-dependent DNA damage sensor activity / DNA strand elongation involved in DNA replication / mismatch repair / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Nirwal, S. / Nair, D.T.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: The structure of the MutL-CTD:processivity-clamp complex provides insight regarding strand discrimination in non-methyl-directed DNA mismatch repair.
著者: Nirwal, S. / Jha, R. / Narayanan, N. / Sharma, M. / Kulkarni, D.S. / Sharma, D. / Babu, A.S. / Suthar, D.K. / Rao, D.N. / Nair, D.T.

履歴

登録	2023年12月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xla.cif.gz	935.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xla.ent.gz	665.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	8xla_full_validation.pdf.gz	533.7 KB	表示
XML形式データ	8xla_validation.xml.gz	77.7 KB	表示
CIF形式データ	8xla_validation.cif.gz	99.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/8xla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/8xla	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Beta sliding clamp

B: Beta sliding clamp

E: Beta sliding clamp

F: Beta sliding clamp

Y: DNA mismatch repair protein MutL

Z: DNA mismatch repair protein MutL

D: DNA mismatch repair protein MutL

244 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta sliding clamp

B: Beta sliding clamp

E: Beta sliding clamp

F: Beta sliding clamp

Y: DNA mismatch repair protein MutL

Z: DNA mismatch repair protein MutL

D: DNA mismatch repair protein MutL

A: Beta sliding clamp

B: Beta sliding clamp

E: Beta sliding clamp

F: Beta sliding clamp

Y: DNA mismatch repair protein MutL

Z: DNA mismatch repair protein MutL

D: DNA mismatch repair protein MutL

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
489 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.750, 212.040, 255.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222
Space group name Hall	I22
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Beta sliding clamp / Processivity Clamp 分子量: 43081.332 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌) 遺伝子: NGO_0002 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q5FAJ1
#2: タンパク質	DNA mismatch repair protein MutL 分子量: 23976.260 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌) 遺伝子: mutL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q5F8M6
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 73 % / 解説: Half moon shaped crystals
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 10-14% (w/v) PEG 5000 MME, 0.1M citrate buffer (pH 5.5), 0.2-0.5M Ammonium Sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97864 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97864 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→68.13 Å / Num. obs: 54175 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 112.84 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4442 / CC_1/2: 0.598 / R_pim(I) all: 0.524 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
iMOSFLM	7.3.0	データ削減
Aimless	7.1.012	データスケーリング
PHASER	7.1.012	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.5→64.7 Å / SU ML: 0.5137 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.37 / 位相誤差: 30.7278
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2798	5166	5.08 %	RANDOM
R_work	0.2669	96619	-	-
obs	0.2675	54043	95.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 122.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→64.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15581	0	0	0	15581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0052	15816
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7759	21407
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0462	2495
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	2815
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5479	5920

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.54	0.3792	191	0.3747	3176	X-RAY DIFFRACTION	95.06
3.54-3.58	0.3664	180	0.3826	3188	X-RAY DIFFRACTION	95.46
3.58-3.63	0.3921	209	0.3549	3194	X-RAY DIFFRACTION	95.27
3.63-3.67	0.4173	161	0.3488	3211	X-RAY DIFFRACTION	95.15
3.67-3.72	0.2912	203	0.3545	3157	X-RAY DIFFRACTION	95.32
3.72-3.77	0.3377	139	0.3302	3270	X-RAY DIFFRACTION	95.41
3.77-3.82	0.3421	175	0.3183	3232	X-RAY DIFFRACTION	95.65
3.82-3.88	0.2967	170	0.3146	3211	X-RAY DIFFRACTION	95.81
3.88-3.94	0.3561	202	0.3143	3202	X-RAY DIFFRACTION	95.7
3.94-4.01	0.3215	181	0.3105	3242	X-RAY DIFFRACTION	95.99
4.01-4.08	0.3535	147	0.3118	3212	X-RAY DIFFRACTION	95.59
4.08-4.15	0.326	139	0.3072	3258	X-RAY DIFFRACTION	95.77
4.15-4.23	0.3301	165	0.3197	3266	X-RAY DIFFRACTION	95.89
4.23-4.32	0.2776	148	0.274	3242	X-RAY DIFFRACTION	95.84
4.32-4.41	0.3115	182	0.2619	3215	X-RAY DIFFRACTION	95.91
4.41-4.51	0.218	151	0.2321	3317	X-RAY DIFFRACTION	96.36
4.51-4.62	0.2279	188	0.2322	3175	X-RAY DIFFRACTION	96.06
4.62-4.75	0.2121	161	0.2189	3237	X-RAY DIFFRACTION	95.93
4.75-4.89	0.2424	196	0.2305	3237	X-RAY DIFFRACTION	96.03
4.89-5.05	0.2769	172	0.2408	3223	X-RAY DIFFRACTION	96.12
5.05-5.23	0.3046	170	0.2637	3213	X-RAY DIFFRACTION	95.65
5.23-5.44	0.3411	171	0.2649	3261	X-RAY DIFFRACTION	95.81
5.44-5.68	0.3057	135	0.2853	3223	X-RAY DIFFRACTION	95.72
5.68-5.98	0.3033	169	0.2891	3258	X-RAY DIFFRACTION	95.81
5.98-6.36	0.3674	172	0.2935	3236	X-RAY DIFFRACTION	95.89
6.36-6.85	0.2827	194	0.2842	3184	X-RAY DIFFRACTION	95.61
6.85-7.54	0.2806	146	0.258	3237	X-RAY DIFFRACTION	95.59
7.54-8.62	0.2406	200	0.2328	3200	X-RAY DIFFRACTION	95.69
8.63-10.86	0.1904	172	0.2021	3214	X-RAY DIFFRACTION	94.98
10.86-64.7	0.2297	177	0.2341	3128	X-RAY DIFFRACTION	93.12

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.51766889214	1.91342252692	0.835412617978	3.22261949298	1.15353004539	0.923773339495	0.0109562895666	-0.160283365618	-0.191830241715	0.0873108775912	-0.105040218612	0.471256024173	0.395194029455	-0.155249689926	0.0994214290687	0.895289467907	0.0406121947624	0.12704788483	0.558089109739	0.101679854099	1.08645829765	202.928718849	229.942844991	315.23123668
2	2.06263971478	1.43613632246	0.69443585324	2.25176778998	0.671121811662	1.51349618479	-0.447362181972	0.997220888529	-0.130887066063	-0.601030227241	0.45511387731	-0.0267044877442	0.12510224145	0.429879291257	0.000897029239646	0.95280022963	-0.022616874858	0.00950559317864	1.30068435545	0.0339388241285	0.571873085194	220.262790484	241.480031578	280.850044413
3	5.17127027716	1.47577666836	-0.942454684908	0.843242945986	-0.921384389367	2.34932397604	-0.341178887758	1.07385198196	0.449415025771	-0.862605403359	0.285534095218	0.0677519893432	-0.0175898364709	-0.429289135508	0.35532023781	2.23404406339	0.183556138313	-0.142137960217	1.45789436938	0.168026091709	1.20553545542	216.059613601	266.761507199	253.387894002
4	4.47557730046	1.69769194762	0.978822645409	2.06533249538	-0.400759143524	1.14997955286	-0.285982690095	1.41635917863	0.565097833842	-0.353604091704	0.322846886259	-0.114939803538	-0.28019175481	-0.0400271997208	-0.0523028980379	1.1079698942	0.189890630905	0.25656486843	1.2619860511	0.162832443352	0.835911701878	185.41111031	289.420285104	303.96911374
5	5.93228789478	0.918023069437	0.128181759799	1.95199642621	-0.302682200335	1.21094275013	0.0108607405052	-0.695168133055	0.0295527155502	0.321073175256	0.0001813026307	-0.162733230423	-0.173677072519	-0.0515747183586	0.0112857172731	0.863795122824	0.175143827304	0.002286666087	0.590986511952	-0.0538097675428	0.634052883299	201.45317054	272.402283212	337.142748664
6	2.15949383891	1.2920131012	-0.258093267444	3.82137668091	-0.400887790759	1.71442549085	0.472948189864	0.0782379515655	0.271619474486	0.140610887886	-0.538482684415	0.8121210098	-0.438617363986	-0.35026942694	0.23848771831	1.36445491196	0.245336592009	0.0836729956385	1.39397213119	-0.0101294996872	1.35258514425	202.615108973	271.614710218	279.423586221
7	-0.0563229342106	-0.318245704437	0.586727540227	2.59150582778	-2.47220069393	2.10788324996	0.0948470909831	0.105649537932	0.140491674486	-0.257159284001	0.385587154894	0.624192686864	0.172002908529	-0.506882329591	-0.460316210325	1.62238554511	-0.0382058913835	0.0863376224737	1.45238127248	0.0207687171986	1.93422155176	176.955049213	233.121462644	292.465164194

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -7 through 366)	A	A	-7 - 366	1 - 373
2	2	chain 'B' and (resid 2 through 367 )	B	B	2 - 367	1 - 366
3	3	chain 'D' and (resid 465 through 654)	D	G	465 - 654	1 - 176
4	4	chain 'E' and (resid -1 through 366 )	E	C	-1 - 366	1 - 367
5	5	chain 'F' and (resid -1 through 366 )	F	D	-1 - 366	1 - 367
6	6	chain 'Y' and (resid 464 through 654 )	Y	E	464 - 654	1 - 186
7	7	chain 'Z' and (resid 465 through 656 )	Z	F	465 - 656	2 - 187

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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