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万見
- PDB-8xkx: Structure of the TOM40 complex with pre-protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xkx
タイトルStructure of the TOM40 complex with pre-protein
要素
  • Mitochondrial import receptor subunit TOM22
  • Mitochondrial import receptor subunit TOM40
  • Mitochondrial import receptor subunit TOM5
  • Mitochondrial import receptor subunit TOM6
  • Mitochondrial import receptor subunit TOM7
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Mitochondrial precursor protein translocase / Mitochondrial pre-protein transporte / Protein complex / mitochondrial outer membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein transmembrane transport / : / porin activity / pore complex / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport ...mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein transmembrane transport / : / porin activity / pore complex / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import receptor subunit Tom6 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22, fungi / Mitochondrial import receptor subunit Tom6, fungal / Mitochondrial import receptor subunit Tom40, fungi / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family ...Mitochondrial import receptor subunit Tom6 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22, fungi / Mitochondrial import receptor subunit Tom6, fungal / Mitochondrial import receptor subunit Tom40, fungi / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 / Mitochondrial import receptor subunit TOM22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit TOM5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Yang, L.Y. / Shen, Q.T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the TOM40 complex with pre-protein
著者: Yang, L.Y. / Shen, Q.T.
履歴
登録2023年12月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Mitochondrial import receptor subunit TOM22
C: Mitochondrial import receptor subunit TOM5
D: Mitochondrial import receptor subunit TOM6
E: Mitochondrial import receptor subunit TOM7
A: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
G: Mitochondrial import receptor subunit TOM22
H: Mitochondrial import receptor subunit TOM5
I: Mitochondrial import receptor subunit TOM6
J: Mitochondrial import receptor subunit TOM7
F: Mitochondrial import receptor subunit TOM40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,09510
ポリマ－161,09510
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM22 / Mitochondrial 17 kDa assembly protein / Mitochondrial 22 kDa outer membrane protein / Protein MAS17 ...Mitochondrial 17 kDa assembly protein / Mitochondrial 22 kDa outer membrane protein / Protein MAS17 / Translocase of outer membrane 22 kDa subunit


分子量: 19194.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: YPH499
遺伝子: TOM22, MAS17, MAS22, MOM22, YNL131W, N1217, N1862
Variant: Tom22-10His / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49334
#2: タンパク質・ペプチド Mitochondrial import receptor subunit TOM5 / Translocase of outer membrane 5 kDa subunit


分子量: 5993.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YPH499 / 参照: UniProt: P80967
#3: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM6 / Mitochondrial import site protein ISP6 / Translocase of outer membrane 6 kDa subunit


分子量: 6410.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YPH499 / 参照: UniProt: P33448
#4: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Translocase of outer membrane 7 kDa subunit


分子量: 6876.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YPH499 / 参照: UniProt: P53507
#5: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / Mitochondrial import site protein ISP42 / Translocase of outer membrane 40 kDa subunit


分子量: 42071.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YPH499 / 参照: UniProt: P23644
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TOM40 complex with pre-protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YPH499
緩衝液pH: 7.2
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 399000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0027686
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.68310424
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.9121012
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0561174
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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