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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xk8 | ||||||
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タイトル | N1D10 Fab bound to SFTSV glycoprotein-Gn | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / glycoprotein / Gn / Fab | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.53 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, H. / Deng, Z. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A broadly protective antibody targeting the glycoprotein Gn inhibits severe fever with thrombocytopenia syndrome virus infection. 著者: Ren, X. / Sun, J. / Kuang, W. / Yu, F. / Wang, B. / Wang, Y. / Deng, W. / Yang, S. / Hu, Y. / Deng, Z. / Ning, Y. / Zhao, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xk8.cif.gz | 553.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8xk8.ent.gz | 454.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8xk8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8xk8_validation.pdf.gz | 481.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8xk8_full_validation.pdf.gz | 510.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8xk8_validation.xml.gz | 53.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8xk8_validation.cif.gz | 73 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/8xk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/8xk8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8xk5C 8xk6C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39523.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス) 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: R4V2Q5 #2: 抗体 | 分子量: 26368.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fab heavy chain / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 26020.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.17 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.095 M tri-Sodium citrate pH 5.6, 19 %(v/v) Isopropanol, 19 %(w/v) PEG 4000, 5 %(v/v) glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.52→47.16 Å / Num. obs: 20028 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.758 / Net I/σ(I): 3.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.52→3.85 Å / 冗長度: 2.6 % / Num. unique obs: 4658 / CC1/2: 0.626 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.53→20.69 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.53→20.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 36.627 Å / Origin y: -24.1179 Å / Origin z: 22.921 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |