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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xjk | |||||||||
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タイトル | Cloprosetnol bound Prostaglandin F2-alpha receptor-Gq Protein Complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / cryo-EM / Complex / Signaling Protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 prostaglandin F receptor activity / parturition / Prostanoid ligand receptors / cellular response to prostaglandin D stimulus / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors ...prostaglandin F receptor activity / parturition / Prostanoid ligand receptors / cellular response to prostaglandin D stimulus / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G beta:gamma signalling through CDC42 / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / G alpha (z) signalling events / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / response to estradiol / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / response to lipopolysaccharide / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.63 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, X. / Li, X. / Liu, G. / Gong, W. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024 タイトル: Structural basis for ligand recognition and activation of the prostanoid receptors. 著者: Xiu Li / Xuan Zhang / Xin Wen / Daolai Zhang / Changxiu Qu / Xinyi Miao / Wenkai Zhang / Ru Zhang / Guibing Liu / Peng Xiao / Jin-Peng Sun / Weimin Gong / 要旨: Prostaglandin F (PGF) and thromboxane A (TXA) are endogenous arachidonic acid metabolites, modulating diverse physiological processes including inflammation and cardiovascular homeostasis through ...Prostaglandin F (PGF) and thromboxane A (TXA) are endogenous arachidonic acid metabolites, modulating diverse physiological processes including inflammation and cardiovascular homeostasis through activating PGF receptor (FP) and TXA receptor (TP). Ligands targeting FP and TP have demonstrated efficacy in treating conditions like glaucoma and cardiovascular diseases in humans, as well as reproductive-related diseases in animals. Here, we present five cryoelectron microscopy structures illustrating FP and TP in complex with G and bound to PGF (endogenous ligand), latanoprost acid (a clinical drug), and two other synthetic agonists. Combined with mutational and functional studies, these structures reveal not only structural features for the specific recognition of endogenous ligands and attainment of receptor selectivity of FP and TP but also the common mechanisms of receptor activation and G protein coupling. The findings may enrich our knowledge of ligand recognition and signal transduction of the prostanoid receptor family and facilitate rational ligand design toward these two receptors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xjk.cif.gz | 243.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8xjk.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8xjk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8xjk_validation.pdf.gz | 485.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8xjk_full_validation.pdf.gz | 491.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8xjk_validation.xml.gz | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8xjk_validation.cif.gz | 34.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/8xjk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/8xjk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 38399MC 8xjlC 8xjmC 8xjnC 8xjoC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AR
#1: タンパク質 | 分子量: 28084.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
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#5: タンパク質 | 分子量: 64767.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: PTGFR 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P43088 |
-Guanine nucleotide-binding protein ... , 2種, 2分子 BC
#2: タンパク質 | 分子量: 40845.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P62873 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P59768 |
-抗体 / 非ポリマー , 2種, 2分子 E
#4: 抗体 | 分子量: 27259.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
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#6: 化合物 | ChemComp-A1D5A / (~{ 分子量: 424.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29ClO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cloprosetnol-FP-miniGq-scFv16 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 88851 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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