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万見
- PDB-8xjf: Crystal structure of Arabidopsis N-amino acetyltransferase 2 boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xjf
タイトルCrystal structure of Arabidopsis N-amino acetyltransferase 2 bound to HEPES, Acetyl CoA, GABA, and glycerol
要素GCN5-related N-acetyltransferase 8
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity / N-acetyltransferase activity / protein-lysine-acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / ACETYL COENZYME *A / GCN5-related N-acetyltransferase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Arold, S.T. / Hameed, U.F.S.
資金援助 サウジアラビア, 1件
組織認可番号国
Other privateKing Abdullah University of Science and Technology サウジアラビア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Arabidopsis N-amino acetyltransferase 2 bound to HEPES, Acetyl CoA, GABA, and glycerol
著者: Arold, S.T. / Hameed, U.F.S.
履歴
登録2023年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GCN5-related N-acetyltransferase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3225
ポリマ－24,0791
非ポリマー1,2434
水66737
1
A: GCN5-related N-acetyltransferase 8
ヘテロ分子

A: GCN5-related N-acetyltransferase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,64310
ポリマ－48,1572
非ポリマー2,4868
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
Buried area12560 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.060, 69.740, 104.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-417-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GCN5-related N-acetyltransferase 8 / Probable acetyltransferase NATA1-like


分子量: 24078.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: GNAT8
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9ZV06, histone acetyltransferase

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非ポリマー , 5種, 41分子

#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID


分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 神経伝達物質, 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Sodium HEPES pH 7.5, and 30% v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.55 Å / Num. obs: 14957 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 1088 / CC1/2: 0.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→45.55 Å / SU B: 11.352 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.175 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23258 1502 10 %RANDOM
Rwork0.18552 ---
obs0.19008 13513 99.17 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.545 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å2-0 Å2
2--0.09 Å2-0 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1664 0 79 37 1780
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.52 136 10 %
Rwork0.46 1352 -
obs--91.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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