PDB-8xix: KeDt3e within Co

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xix

タイトル

KeDt3e within Co

要素

D-tagatose 3-epimerase

キーワード

ISOMERASE / D-tagatose 3-epimerase

機能・相同性

: / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / D-tagatose 3-epimerase

機能・相同性情報

生物種

Kroppenstedtia eburnea (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Guo, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Production of D-psicose
著者: Guo, D.

履歴

登録	2023年12月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xix.cif.gz	127.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xix.ent.gz	98.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xix.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xix_validation.pdf.gz	419.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xix_full_validation.pdf.gz	421.1 KB	表示
XML形式データ	8xix_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	8xix_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/8xix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/8xix	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xivC 8xj1C 3vnkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: D-tagatose 3-epimerase

33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.310, 119.310, 47.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	D-tagatose 3-epimerase 分子量: 33031.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Kroppenstedtia eburnea (バクテリア) 遺伝子: SAMN05421790_10663 / 発現宿主: Kroppenstedtia eburnea (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1N7MFN7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化	温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 2% v/v 1,4-dioxane 0.1 M Tris pH 8.0 15% w/v Polyethlene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→44.78 Å / Num. obs: 18116 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2.36→2.45 Å / R_merge(I) obs: 0.891 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1564

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VNK

3vnk

解像度: 2.16→44.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 12.225 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25477	977	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20299	-	-	-
obs	0.20558	18116	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.248 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.13 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.16→44.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2319	0	0	72	2391

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	2369
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.293	1.641	3201
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.161	1.586	5193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.92	5	287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.305	22.652	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.788	15	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.679	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	545
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.634	2.453	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.634	2.452	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.045	3.676	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.045	3.676	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.805	2.571	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.805	2.572	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.361	3.812	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.591	28.371	2628
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.475	28.232	2615
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.16→2.216 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	71	-
R_work	0.263	1306	-
obs	-	-	98.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0685	-1.1077	1.9489	1.1842	-1.0163	1.4631	-0.2844	-0.1127	0.2031	0.2571	0.0989	-0.1161	-0.0254	0.0622	0.1855	0.2276	0.1377	0.0164	0.1115	0.02	0.0252	39.7999	11.7327	15.6196
2	3.0842	1.0883	-0.8884	0.8425	-0.439	0.8869	-0.0562	-0.2339	0.0614	0.0788	0.0226	0.0234	-0.0519	0.0547	0.0336	0.0601	0.0224	-0.0262	0.0433	0.0031	0.0671	49.1296	9.6416	13.9035
3	0.7744	0.0454	-0.119	2.2235	-0.6302	0.7174	0.0455	0.1161	0.0655	0.1108	-0.0483	-0.1243	-0.0471	0.0596	0.0028	0.0418	0.0065	0.0049	0.0476	-0.0023	0.0593	51.5378	19.7768	-0.2671
4	1.5297	-0.2993	-0.0172	0.6706	-0.1722	0.0656	0.0205	0.2052	-0.0313	-0.0058	-0.032	0.0059	0.006	-0.0095	0.0115	0.0514	0.0221	-0.006	0.0955	-0.031	0.017	37.6138	16.9105	-5.3137
5	1.3725	-0.6917	0.7368	0.5733	-0.5619	0.5683	0.1095	0.0289	-0.3302	-0.0051	-0.0098	0.0937	0.0464	0.007	-0.0997	0.1076	0.0004	-0.0212	0.0379	-0.0536	0.1629	27.5109	4.1428	-0.5328
6	1.4524	-2.1344	-0.6174	4.468	-1.6082	5.0447	0.005	-0.0385	0.2597	0.0733	-0.0312	-0.4285	-0.1742	0.1592	0.0262	0.0747	0.0425	-0.0447	0.0436	-0.0465	0.122	31.9702	25.4457	13.8285
7	4.9176	4.1953	5.6513	5.8504	6.1265	8.4474	-0.1706	-0.2071	0.0404	0.4015	0.0303	0.2304	0.2563	-0.2592	0.1403	0.1555	0.0367	0.0376	0.0526	0.0304	0.0344	26.7996	8.224	15.8934

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	35 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	62 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	93 - 133
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	134 - 258
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	259 - 277
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	278 - 302
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	303 - 322

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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