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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xig | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the AEP domain of MPXV E5 | ||||||
![]() | Uncoating factor OPG117 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gan, J. / Zhang, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and functional insights into the helicase protein E5 of Mpox virus. 著者: Gan, J. / Zhang, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25940.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OPG117, MPXVgp100 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7H0DN89, ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-PPV / ![]() | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.98 % |
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結晶化![]() | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Magnesium formate dihydrate, 15% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 26185 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 0.967 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 266804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→27.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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