PDB-8xi8: The Crystal Structure of TAB1 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xi8

タイトル

The Crystal Structure of TAB1 from Biortus.

要素

TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Glycoprotein / Phosphoprotein / Ubl conjugation

機能・相同性

機能・相同性情報

cardiac septum development / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / coronary vasculature development / non-canonical NF-kappaB signal transduction / aorta development / mitogen-activated protein kinase p38 binding / protein serine/threonine phosphatase activity / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Bao, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of TAB1 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Lv, Z. / Ju, C. / Bao, C.

履歴

登録	2023年12月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xi8.cif.gz	84.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xi8.ent.gz	60.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xi8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xi8_validation.pdf.gz	423.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xi8_full_validation.pdf.gz	425.3 KB	表示
XML形式データ	8xi8_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	8xi8_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/8xi8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/8xi8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (7) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (7) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1

40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.525, 144.525, 66.218
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase ...Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase 1-binding protein 1 / TAK1-binding protein 1 分子量: 40642.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAB1, MAP3K7IP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15750
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase ...

分子量: 40642.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAB1, MAP3K7IP1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15750

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.96 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 16% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.35→48.82 Å / Num. obs: 11715 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.184 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 3.35→3.62 Å / R_merge(I) obs: 1.168 / Num. unique obs: 2390

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.35→48.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 23.68 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 2.999 / ESU R Free: 0.427 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2521	555	4.738 %
R_work	0.2007	11159	-
all	0.203	-	-
obs	-	11714	99.923 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 115.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.867 Å²	0.433 Å²	0 Å²
2-	-	0.867 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.812 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.35→48.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2736	0	0	18	2754

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.819	1.648	3769
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.269	1.575	6072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.727	5	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.218	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.586	10	474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	10.001	10	133
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.035	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	634
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	618
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2581
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.044	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.019	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.122	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.241	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.396	11.396	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.396	11.393	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.972	20.49	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.97	20.492	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.124	12.031	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.123	12.031	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.893	21.889	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.891	21.889	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.753	101.991	3059
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.752	102.001	3060

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.35-3.437	0.321	49	0.336	810	X-RAY DIFFRACTION	99.8837
3.437-3.53	0.402	43	0.336	786	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.632	0.361	39	0.31	767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.632-3.743	0.319	40	0.295	726	X-RAY DIFFRACTION	99.8696
3.743-3.865	0.258	32	0.26	729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.865-4	0.235	36	0.24	703	X-RAY DIFFRACTION	100
4-4.15	0.343	25	0.211	697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.15-4.318	0.303	18	0.194	669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.318-4.509	0.187	30	0.185	624	X-RAY DIFFRACTION	99.8473
4.509-4.727	0.196	45	0.175	594	X-RAY DIFFRACTION	100
4.727-4.98	0.26	34	0.175	564	X-RAY DIFFRACTION	100
4.98-5.278	0.231	20	0.181	555	X-RAY DIFFRACTION	100
5.278-5.638	0.247	23	0.188	508	X-RAY DIFFRACTION	100
5.638-6.083	0.223	28	0.179	481	X-RAY DIFFRACTION	100
6.083-6.653	0.269	25	0.17	449	X-RAY DIFFRACTION	100
6.653-7.422	0.233	22	0.158	406	X-RAY DIFFRACTION	100
7.422-8.537	0.219	10	0.144	363	X-RAY DIFFRACTION	100
8.537-10.377	0.217	18	0.13	313	X-RAY DIFFRACTION	100
10.377-14.355	0.187	13	0.16	251	X-RAY DIFFRACTION	100
14.355-48.82	0.311	5	0.243	164	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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