PDB-8xi7: The Crystal Structure of UCHL1 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xi7

タイトル

The Crystal Structure of UCHL1 from Biortus.

要素

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

キーワード

HYDROLASE / Ubl conjugation pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

axon target recognition / male germ cell proliferation / alpha-2A adrenergic receptor binding / muscle cell development / neuron projection terminus / adult walking behavior / neuromuscular process / eating behavior / axonal transport of mitochondrion / protein deubiquitination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Shen, Z.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of UCHL1 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Shen, Z.

履歴

登録	2023年12月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xi7.cif.gz	106.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xi7.ent.gz	78.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xi7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xi7_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xi7_full_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示
XML形式データ	8xi7_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	8xi7_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/8xi7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/8xi7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

50 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.216, 109.216, 79.379
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-485- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 222 / Label seq-ID: 1 - 222

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1 / UCH-L1 / Neuron cytoplasmic protein 9.5 / PGP 9.5 / PGP9.5 / Ubiquitin thioesterase L1 分子量: 24855.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UCHL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09936, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.1M ammonium sulfate, 2% PEG 400, 100mM HEPES, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95374 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→48.84 Å / Num. obs: 35583 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.2 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / R_merge(I) obs: 1.056 / Num. unique obs: 2445

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→48.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 3.923 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.153 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2311	1855	5.217 %
R_work	0.1939	33701	-
all	0.196	-	-
obs	-	35556	99.947 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.415 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.41 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.41 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.819 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3470	0	14	231	3715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	3559
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.06	1.644	4795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.361	1.577	7832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.914	5	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.821	5	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.394	10	645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.472	10	176
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4186
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	790
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	728
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	2983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1939
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.049	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.115	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.149	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.857	3.987	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.856	3.988	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.342	7.153	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.341	7.155	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.604	4.536	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.607	4.539	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.85	8.07	2573
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.855	8.075	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.006	39.771	3962
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.009	39.493	3930
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.096	0.05	6857

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09551	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09551	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.001	0.31	131	0.261	2426	X-RAY DIFFRACTION	100
2.001-2.055	0.243	142	0.234	2387	X-RAY DIFFRACTION	100
2.055-2.115	0.273	147	0.231	2300	X-RAY DIFFRACTION	99.9592
2.115-2.18	0.246	112	0.219	2266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.251	0.25	124	0.218	2182	X-RAY DIFFRACTION	100
2.251-2.33	0.245	117	0.206	2135	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.418	0.282	132	0.208	2034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.418-2.516	0.257	115	0.2	1969	X-RAY DIFFRACTION	99.9041
2.516-2.628	0.275	119	0.207	1874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.628-2.756	0.249	103	0.217	1844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.756-2.904	0.26	98	0.212	1714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.904-3.08	0.244	82	0.207	1664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.291	0.244	79	0.197	1570	X-RAY DIFFRACTION	99.9394
3.291-3.554	0.24	55	0.188	1480	X-RAY DIFFRACTION	100
3.554-3.891	0.185	74	0.176	1343	X-RAY DIFFRACTION	100
3.891-4.347	0.193	63	0.161	1234	X-RAY DIFFRACTION	100
4.347-5.012	0.173	56	0.152	1107	X-RAY DIFFRACTION	100
5.012-6.123	0.238	40	0.185	957	X-RAY DIFFRACTION	100
6.123-8.592	0.206	44	0.194	746	X-RAY DIFFRACTION	99.6217
8.592-48.84	0.262	22	0.206	469	X-RAY DIFFRACTION	98.5944

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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