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万見
- PDB-8xi6: SARS-CoV-2 Omicron BQ.1.1 Variant Spike Protein Complexed with MO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xi6
タイトルSARS-CoV-2 Omicron BQ.1.1 Variant Spike Protein Complexed with MO11 Fab
要素
  • MO11 heavy chain
  • MO11 light chain
  • Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / antibody complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ishimaru, H. / Nishimura, M. / Shigematsu, H. / Marini, M.I. / Hasegawa, N. / Takamiya, R. / Iwata, S. / Mori, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2024
タイトル: Epitopes of an antibody that neutralizes a wide range of SARS-CoV-2 variants in a conserved subdomain 1 of the spike protein.
著者: Hanako Ishimaru / Mitsuhiro Nishimura / Hideki Shigematsu / Maria Istiqomah Marini / Natsumi Hasegawa / Rei Takamiya / Sachiyo Iwata / Yasuko Mori /
要旨: The evolution of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has continued, enabling the virus to escape from host immunity by changing its spike antigen, while biased toward the ...The evolution of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has continued, enabling the virus to escape from host immunity by changing its spike antigen, while biased toward the receptor-binding domain and N-terminal domain. Here, we isolated a novel pan-SARS-CoV-2 neutralizing antibody (which we named MO11) for even the recent dominators XBB.1.16 and EG.5.1, from a convalescent patient who had received three doses of an original mRNA COVID-19 vaccination. A cryo-electron microscopy analysis of the spike-MO11 complex at 2.3 Å atomic resolution revealed that it recognizes a conserved epitope hidden behind a glycan shield at N331 on subdomain 1 (SD1), holding both the N- and C-terminal segments comprising SD1. Our identification of MO11 unveiled the functional importance of SD1 for the spike's function, and we discuss the potential availability of a novel common epitope among the SARS-CoV-2 variants.IMPORTANCENovel severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 variants with immune evasion ability are still repeatedly emerging, nonetheless, a part of immunity developed in responding to the antigen of earlier variants retains efficacy against recent variants irrespective of the numerous mutations. In exploration for the broadly effective antibodies, we identified a cross-neutralizing antibody, named MO11, from the B cells of the convalescent patient. MO11 targets a novel epitope in subdomain 1 (SD1) and was effective against all emerging variants including XBB.1.16 and EG.5.1. The neutralizing activity covering from D614G to EG.5.1 variants was explained by the conservation of the epitope, and it revealed the importance of the subdomain on regulating the function of the antigen for viral infection. Demonstrated identification of the neutralizing antibody that recognizes a conserved epitope implies basal contribution of such group of antibodies for prophylaxis against COVID-19.
履歴
登録2023年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein
B: Spike glycoprotein
C: Spike glycoprotein
D: MO11 heavy chain
E: MO11 light chain
F: MO11 heavy chain
G: MO11 light chain
H: MO11 heavy chain
I: MO11 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)570,71045
ポリマ－558,3359
非ポリマー12,37536
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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d_1ens_2chain "F"
d_2ens_2chain "D"
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d_3ens_3chain "I"

NCSドメイン領域:
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NCSアンサンブル:
ID
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IDCodeMatrixベクター
1given(-0.500143544623, 0.865942511789, -3.23759229966E-5), (-0.86594250534, -0.500143544971, -0.000108947220383), (-0.00011053463857, -2.64535611067E-5, 0.999999993541)114.46386218, 427.055895335, 0.0234769162339
2given(-0.499900261789, -0.866082979776, 2.0142083871E-5), (0.866082970068, -0.499900252391, 0.0001631464097), (-0.000131229295842, 9.90016487413E-5, 0.999999986489)427.013869864, 114.364014019, 0.00387024150467
3given(-0.501649926082, 0.865070694859, -0.000211088051796), (-0.865069501113, -0.50164961369, -0.00155670471675), (-0.00145255187064, -0.000598314970429, 0.999998766055)114.835967634, 427.443764767, 0.288716903496
4given(-0.499869191669, -0.866100866698, -0.000282710146853), (0.866100754089, -0.499868875783, -0.000768628946369), (0.00052439219334, -0.000629069401493, 0.999999664642)427.077265356, 114.549294529, 0.0163303159067
5given(-0.499306322691, -0.866425446542, -0.000376438222643), (0.866425297895, -0.499306459642, 0.000512375275977), (-0.000631893013507, -7.03233843064E-5, 0.999999797883)427.064091871, 114.058602386, 0.11768789425
6given(-0.500147793406, 0.865939754121, -0.000725936871031), (-0.865939945272, -0.500147980841, -9.18864622361E-5), (-0.00044264400078, 0.00058266092304, 0.999999732286)114.601578795, 427.060320587, -0.0636744677492

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 138784.125 Da / 分子数: 3 / 変異: F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
株: TY41-796 / 遺伝子: S, 2 / Variant: BQ.1.1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2

-
抗体 , 2種, 6分子 DFHEGI

#2: 抗体 MO11 heavy chain


分子量: 24479.309 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 MO11 light chain


分子量: 22848.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 4種, 36分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of spike ectodomain with antibody MO11 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMTris-HCl1
2150 mMNaCl1
試料濃度: 8.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.8.2粒子像選択
2SerialEM4.1beta10画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.6モデルフィッティング
9PHENIX1.21rc1_5109モデル精密化
10Coot0.9.8.1モデル精密化
11RELION4.0.0初期オイラー角割当
12RELION4.0.0最終オイラー角割当
14RELION4.0.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 246238 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
18H3N

8h3n

18H3N1PDBexperimental model
21AlphaFoldin silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 65.25 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00229940
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.518640791
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04514800
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00425181
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.78333875
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BBELECTRON MICROSCOPYNCS constraints8.51927743878E-13
ens_1d_3BBELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.59462864664E-13
ens_2d_2FFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.06257205223E-13
ens_2d_3FFELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.52913565428E-10
ens_3d_2EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints6.25732774063E-11
ens_3d_3EEELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.46517814029E-12

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万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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