PDB-8xhr: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis MenT3 bound with CTP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xhr

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis MenT3 bound with CTP

要素

Nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein

キーワード

TRANSFERASE / Terminal nucleotidyltransferase / Toxin / CTP

機能・相同性

Nucleotidyl transferase AbiEii toxin, Type IV TA system / Nucleotidyl transferase AbiEii toxin, Type IV TA system / nucleotide binding / metal ion binding / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Liu, J. / Yashiro, Y. / Tomita, K.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Substrate specificity of Mycobacterium tuberculosis tRNA terminal nucleotidyltransferase toxin MenT3.
著者: Liu, J. / Yashiro, Y. / Sakaguchi, Y. / Suzuki, T. / Tomita, K.

履歴

登録	2023年12月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xhr.cif.gz	185.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xhr.ent.gz	145 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xhr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xhr_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xhr_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8xhr_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	8xhr_validation.cif.gz	50.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/8xhr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/8xhr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein

B: Nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein

C: Nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein

ヘテロ分子

101 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.960, 91.530, 85.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Nucleotidyl transferase AbiEii/AbiGii toxin family protein / MenT3 分子量: 33056.801 Da / 分子数: 3 / 変異: D80A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: Rv1045 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P96356
#2: 化合物	ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP 分子量: 483.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 0.2M sodium malonate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-1A / 波長: 1.045 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.045 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→49.51 Å / Num. obs: 52668 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.138 / R_rim(I) all: 0.149 / Net I/σ(I): 12.87

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.1-2.15	1.411	3834	0.612	1.524	1
2.15-2.21	1.128	3785	0.698	1.214	1
2.21-2.28	0.99	3667	0.75	1.066	1
2.28-2.35	0.802	3584	0.845	0.863	1
2.35-2.42	0.662	3485	0.898	0.713	1
2.42-2.51	0.544	3338	0.931	0.586	1
2.51-2.6	0.449	3261	0.956	0.484	1
2.6-2.71	0.384	3091	0.968	0.414	1
2.71-2.83	0.282	3010	0.981	0.304	1
2.83-2.97	0.224	2873	0.984	0.242	1
2.97-3.13	0.165	2716	0.991	0.178	1
3.13-3.32	0.129	2565	0.991	0.141	1
3.32-3.55	0.091	2435	0.995	0.099	1
3.55-3.83	0.068	2248	0.997	0.073	1
3.83-4.2	0.054	2088	0.998	0.059	1
4.2-4.69	0.046	1892	0.999	0.049	1
4.69-5.42	0.045	1669	0.999	0.048	1
5.42-6.64	0.046	1417	0.999	0.049	1
6.64-9.39	0.034	1097	0.999	0.037	1
9.39-49.51	0.03	613	0.999	0.033	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→49.51 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2411	2633	5 %
R_work	0.1878	-	-
obs	0.1905	52656	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6618	0	87	356	7061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6849
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.103	9366
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.195	2520
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1095
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1215

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.14	0.3765	136	0.2897	2583	X-RAY DIFFRACTION	98
2.14-2.18	0.2887	137	0.2467	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.2992	139	0.2408	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.3175	138	0.2261	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.3276	137	0.2268	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.2632	140	0.2142	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.45	0.2805	136	0.2078	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.52	0.2634	139	0.2026	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.6	0.2761	139	0.2014	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.69	0.2731	138	0.2073	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.8	0.2751	138	0.2007	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.93	0.2501	138	0.193	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.08	0.267	138	0.1969	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.28	0.2408	140	0.1935	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.53	0.2481	140	0.185	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.88	0.2191	139	0.1688	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.45	0.1994	139	0.154	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
4.45-5.6	0.1871	140	0.1641	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6-49.51	0.2057	142	0.1709	2707	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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