+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xhk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of alpha-Oxoamine Synthase Alb29 with PLP cofactor | ||||||
要素 | Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / complex / PLP / Dimer / alpha-Oxoamine Synthase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 8-amino-7-oxononanoate synthase / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces albogriseolus 1-36 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, M.J. / Zhang, D.K. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024 タイトル: Structural and mechanistic investigations on CC bond forming alpha-oxoamine synthase allowing L-glutamate as substrate. 著者: Zhang, D.K. / Song, K.Y. / Yan, Y.Q. / Zheng, J.T. / Xu, J. / Da, L.T. / Xu, M.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xhk.cif.gz | 544.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8xhk.ent.gz | 362.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8xhk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/8xhk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/8xhk | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 8i7uSC 8xhaC 8xhdC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
3 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42888.883 Da / 分子数: 6 / 変異: S87G / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank ID is QHB15350.1 由来: (組換発現) Streptomyces albogriseolus 1-36 (バクテリア) 遺伝子: alb29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B9KSL0 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: liquid diffusion 詳細: 0.03M MgCl2, 0.03M CaCl2, 0.1M MES-Imidazole, pH 6.5, 20% Glycerol, 10%(w/v)PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 62296 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 66.41 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09468 / Rpim(I) all: 0.02891 / Rrim(I) all: 0.09909 / Net I/σ(I): 18.78 |
反射 シェル | 解像度: 2.79→2.89 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.9972 / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / Num. unique obs: 6367 / CC1/2: 0.906 / CC star: 0.975 / Rpim(I) all: 0.2993 / % possible all: 99.58 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8I7U 解像度: 2.79→25.19 Å / SU ML: 0.4227 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.1778 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.79→25.19 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|