PDB-8xhk: Crystal structure of alpha-Oxoamine Synthase Alb29 with PLP cofactor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xhk

タイトル

Crystal structure of alpha-Oxoamine Synthase Alb29 with PLP cofactor

要素

Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme

キーワード

TRANSFERASE / complex / PLP / Dimer / alpha-Oxoamine Synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

8-amino-7-oxononanoate synthase / 8-amino-7-oxononanoate synthase activity / biotin biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces albogriseolus 1-36 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Xu, M.J. / Zhang, D.K.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural and mechanistic investigations on CC bond forming alpha-oxoamine synthase allowing L-glutamate as substrate.
著者: Zhang, D.K. / Song, K.Y. / Yan, Y.Q. / Zheng, J.T. / Xu, J. / Da, L.T. / Xu, M.J.

履歴

登録	2023年12月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xhk.cif.gz	544.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xhk.ent.gz	362.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xhk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xhk_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xhk_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8xhk_validation.xml.gz	78.9 KB	表示
CIF形式データ	8xhk_validation.cif.gz	103.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/8xhk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/8xhk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8i7uSC 8xhaC 8xhdC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme

A: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme

B: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme

D: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme

E: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme

F: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme

ヘテロ分子

259 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme

A: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
86.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme

E: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme

F: Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.110, 110.590, 354.667
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Aminotransferase class I/II-fold pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Alpha-Oxoamine Synthase 分子量: 42888.883 Da / 分子数: 6 / 変異: S87G / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank ID is QHB15350.1 由来: (組換発現) Streptomyces albogriseolus 1-36 (バクテリア) 遺伝子: alb29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6B9KSL0
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PLR / (5-HYDROXY-4,6-DIMETHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 4'-DEOXYPYRIDOXINE PHOSPHATE / 5-(ホスホノオキシメチル)-2,4-ジメチル-3-ピリジノ-ル分子量: 233.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₂NO₅P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: liquid diffusion 詳細: 0.03M MgCl2, 0.03M CaCl2, 0.1M MES-Imidazole, pH 6.5, 20% Glycerol, 10%(w/v)PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 62296 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 11.8 % / B_iso Wilson estimate: 66.41 Å² / CC_1/2: 0.99 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.09468 / R_pim(I) all: 0.02891 / R_rim(I) all: 0.09909 / Net I/σ(I): 18.78
反射シェル	解像度: 2.79→2.89 Å / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 0.9972 / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / Num. unique obs: 6367 / CC_1/2: 0.906 / CC star: 0.975 / R_pim(I) all: 0.2993 / % possible all: 99.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.0.32	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8I7U

8i7u

解像度: 2.79→25.19 Å / SU ML: 0.4227 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.1778
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2549	3202	5.15 %
R_work	0.2035	58939	-
obs	0.2063	62141	95.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79→25.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17844	0	90	18	17952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	18263
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4874	24739
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	2792
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0036	3211
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8762	6600

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.79-2.83	0.4039	138	0.3154	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.83-2.88	0.3245	144	0.2891	2564	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.88-2.92	0.3427	151	0.2686	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.92-2.97	0.3584	139	0.2392	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.97-3.03	0.2953	133	0.234	2604	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3.03-3.09	0.3226	137	0.2449	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.09-3.15	0.3596	135	0.2578	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.5
3.15-3.22	0.3605	162	0.2607	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.22-3.29	0.3658	126	0.2645	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.29-3.37	0.363	149	0.2425	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.37-3.42	0.3002	85	0.2486	1446	X-RAY DIFFRACTION	98.97
3.47-3.57	0.259	143	0.225	2555	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.57-3.68	0.3091	132	0.22	2127	X-RAY DIFFRACTION	80.68
3.68-3.81	0.2728	145	0.2099	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.81-3.96	0.2493	116	0.2021	2037	X-RAY DIFFRACTION	77.33
3.96-4.14	0.2385	150	0.1873	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.14-4.36	0.2233	146	0.1812	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.36-4.63	0.2062	148	0.1627	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.63-4.99	0.2038	142	0.1685	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.68
4.99-5.48	0.2389	153	0.1887	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.48-6.27	0.2554	146	0.2064	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.79
6.27-7.86	0.2231	133	0.1922	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.83
7.86-25.19	0.1787	149	0.1683	2849	X-RAY DIFFRACTION	97.81

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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