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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xhd
タイトルCrystal structure of alpha-Oxoamine Synthase Alb29 with PLP cofactor and L-glutamate
要素8-amino-7-oxononanoate synthase
キーワードTRANSFERASE / complex / PLP / L-glutamate / Dimer / alpha-Oxoamine Synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


8-amino-7-oxononanoate synthase / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PGU / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 8-amino-7-oxononanoate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces albogriseolus 1-36 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Xu, M.J. / Zhang, D.K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)No. 2022YFC2804100 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural and mechanistic investigations on CC bond forming alpha-oxoamine synthase allowing L-glutamate as substrate.
著者: Zhang, D.K. / Song, K.Y. / Yan, Y.Q. / Zheng, J.T. / Xu, J. / Da, L.T. / Xu, M.J.
履歴
登録2023年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 8-amino-7-oxononanoate synthase
B: 8-amino-7-oxononanoate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4854
ポリマ－85,8602
非ポリマー6252
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7790 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area27030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.734, 117.734, 145.018
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 8-amino-7-oxononanoate synthase / alpha-oxoamine synthase


分子量: 42929.961 Da / 分子数: 2 / 変異: S87G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence of organism Streptomyces albogriseolus 1-36 is not available, replaced by A0A6B9KSL0 temporarily.
由来: (組換発現) Streptomyces albogriseolus 1-36 (バクテリア)
遺伝子: alb29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6B9KSL0, 8-amino-7-oxononanoate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PGU / N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)-L-glutamic acid


分子量: 378.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N2O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.45 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: liquid diffusion
詳細: 0.1 M Amino acid mix, 0.1 M Buffer system 3, pH8.5, 30% v/v Precipitant Mix2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→101.96 Å / Num. obs: 32498 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 1.14 / Net I/σ(I): 20.3 / Num. measured all: 368062
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 1.274 / Num. unique obs: 3210 / CC1/2: 0.712 / CC star: 0.912 / Rpim(I) all: 0.389 / Rrim(I) all: 1.306 / Χ2: 0.95 / % possible all: 99.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8XHA

8xha


解像度: 2.7→43.68 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 1638 5.05 %
Rwork0.2154 --
obs0.2172 32441 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6022 0 41 31 6094
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026175
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5418360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5772244
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041084
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.780.33951370.29682539X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.870.34321610.27512524X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.970.33461310.30412512X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.090.31281230.2822565X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.230.2931170.28492540X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.40.31761280.25892571X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.610.3011430.24722525X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.890.24771670.22342541X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.280.23971290.19752561X-RAY DIFFRACTION100
4.29-4.90.20081250.17792614X-RAY DIFFRACTION100
4.9-6.180.20391170.19712622X-RAY DIFFRACTION100
6.18-43.680.22371600.1722689X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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