PDB-8xgz: Crystal structure of a sulfotransferase S4 in complex with PAP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xgz

タイトル

Crystal structure of a sulfotransferase S4 in complex with PAP

要素

S4

キーワード

TRANSFERASE / PAP / sulfotransferase

機能・相同性

ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Bambusicola thoracicus (コジュケイ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Gao, J. / Yin, L. / Liu, W.D. / Li, J.S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a sulfotransferase S4 in complex with PAP
著者: Gao, J. / Yin, L. / Liu, W.D. / Li, J.S.

履歴

登録	2023年12月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xgz.cif.gz	76.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xgz.ent.gz	54.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xgz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xgz_validation.pdf.gz	838.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xgz_full_validation.pdf.gz	840.2 KB	表示
XML形式データ	8xgz_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	8xgz_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/8xgz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/8xgz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8xjpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: S4

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.719, 77.719, 141.209
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	S4 分子量: 34094.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bambusicola thoracicus (コジュケイ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.6 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES pH 6.0, 1% dextran sulfate sodium salt 8000 PH範囲: 6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17UM / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 30837 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.5 % / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.432 / Net I/σ(I): 10.49

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique obs	CC_1/2	Diffraction-ID	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.44-2.58	3.2	4908	0.711	1
2.58-2.76		4703	0.857	1	1.734
2.76-2.98		4363	0.939	1	1.273
2.98-3.26		4011	0.975	1	0.844	0.862
3.26-3.65		3639	0.992	1	0.452	0.462
3.65-4.21		3199	0.993	1	0.253	0.259
4.21-5.14		2723	0.996	1	0.171	0.174
5.14-7.22		2109	0.996	1	0.157	0.16
7.22-50		1182	0.997	1	0.122	0.125

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.44→43.37 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2185	842	5.01 %
R_work	0.1816	-	-
obs	0.1835	16823	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.44→43.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2419	0	0	112	2531

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2495
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.666	3395
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.032	323
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	351
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	437

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.44-2.59	0.2278	134	0.1966	2558	X-RAY DIFFRACTION	99
2.59-2.79	0.2597	138	0.1919	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-3.07	0.2084	139	0.165	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.51	0.2097	139	0.1692	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-4.42	0.2085	142	0.1702	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
4.42-43.37	0.2199	150	0.1989	2847	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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