PDB-8xgw: Solution structure of d(CGATCG)2-Baicalein complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xgw

タイトル

Solution structure of d(CGATCG)2-Baicalein complex

要素

DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*TP*G)-3')

キーワード

DNA / Oncogene / gene regulation / DNA-ligand complex / flavone

機能・相同性

5,6,7-trihydroxy-2-phenyl-4H-chromen-4-one / DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / Distance restraints

データ登録者

Nair, M.S. / Kumar, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of d(CACGTG)2-Baicalein complex.
著者: Nair, M.S. / Kumar, S.

履歴

登録	2023年12月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
改定 1.2	2024年6月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xgw.cif.gz	82.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xgw.ent.gz	56.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xgw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xgw_validation.pdf.gz	471.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xgw_full_validation.pdf.gz	627.9 KB	表示
XML形式データ	8xgw_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	8xgw_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/8xgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/8xgw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36626Solution structure of d(CGATCG)2-Baicalein complex

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*TP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

3.89 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: NMR Distance Restraints, not applicable

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	8 / 500	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPAPCPGPTPG)-3') 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Baicalein (5,6,7-trihydroxyflavone) / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-3WL / 5,6,7-trihydroxy-2-phenyl-4H-chromen-4-one / Baicalein / バイカレイン分子量: 270.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₀O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
2	1	4	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
2	2	4	isotropic	1	1D 1H

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 2.56 % w/v Hexamer DNA-Baicalein, 90% H2O/10% D2O 詳細: Hexamer DNA-Baicalein in Phosphate buffer (20mM), 10 mM and NaCl, at 300K Label: Hexamer DNA-Baicalein / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 2.56 % w/v / 構成要素: Hexamer DNA-Baicalein / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 10 mM / Label: Condition_1 / pH: 7.2 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	4.1	Bruker Biospin	chemical shift assignment
Amber		Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	structure calculation
AmberTools	18	D.A. Case, I.Y. Ben-Shalom, S.R. Brozell, D.S. Cerutti, T.E. Cheatham, III, V.W.D. Cruzeiro, T.A. Darden, R.E. Duke, D. Ghoreishi, M.K. Gilson, H. Gohlke, A.W. Goetz, D. Greene, R Harris, N. Homeyer, Y. Huang, S. Izadi, A. Kovalenko, T. Kurtzman, T.S. Lee, S. LeGrand, P. Li, C. Lin, J. Liu, T. Luchko, R. Luo, D.J. Mermelstein, K.M. Merz, Y. Miao, G. Monard, C. Nguyen, H. Nguyen, I. Omelyan, A. Onufriev, F. Pan, R. Qi, D.R. Roe, A. Roitberg, C. Sagui, S. Schott-Verdugo, J. Shen, C.L. Simmerling, J. Smith, R. SalomonFerrer, J. Swails, R.C. Walker, J. Wang, H. Wei, R.M. Wolf, X. Wu, L. Xiao, D.M. York and P.A. Kollman (2018), AMBER 2018, University of California, San Francisco.	精密化
NMRFAM-SPARKY		Bioinformatics. 2015 Apr 15; 31(8):1325-7. Epub 2014 Dec 12 NMRFAM-SPARKY: enhanced software for biomolecular NMR spectroscopy	peak picking

精密化

手法: Distance restraints / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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