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- PDB-8xgq: The co-crystal structure of LtpM with UDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xgq
タイトルThe co-crystal structure of LtpM with UDP
要素LtpM1
キーワードTRANSFERASE / glucosyltransferase
機能・相同性Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Wei, T. / Xiao, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The co-crystal structure of LtpM with UDP
著者: Wei, T. / Xiao, J.
履歴
登録2023年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: LtpM1
A: LtpM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,6854
ポリマ－96,8762
非ポリマー8082
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.593, 64.925, 84.423
Angle α, β, γ (deg.)109.920, 94.240, 109.060
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 7 through 88 or resid 95...
21(chain B and (resid 7 through 88 or resid 95...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERGLUGLU(chain A and (resid 7 through 88 or resid 95...AB7 - 881 - 82
12ASPASPSERSER(chain A and (resid 7 through 88 or resid 95...AB95 - 26889 - 262
13ALAALAILEILE(chain A and (resid 7 through 88 or resid 95...AB270 - 400264 - 394
14PROPROPROPRO(chain A and (resid 7 through 88 or resid 95...AB402396
15GLYGLYHISHIS(chain A and (resid 7 through 88 or resid 95...AB404 - 430398 - 424
21SERSERGLUGLU(chain B and (resid 7 through 88 or resid 95...BA7 - 881 - 82
22ASPASPSERSER(chain B and (resid 7 through 88 or resid 95...BA95 - 11089 - 104
23ASPASPSERSER(chain B and (resid 7 through 88 or resid 95...BA115 - 268109 - 262
24ALAALAPROPRO(chain B and (resid 7 through 88 or resid 95...BA270 - 271264 - 265
25METMETALAALA(chain B and (resid 7 through 88 or resid 95...BA288 - 295282 - 289
26ALAALAALAALA(chain B and (resid 7 through 88 or resid 95...BA301295
27VALVALVALVAL(chain B and (resid 7 through 88 or resid 95...BA307 - 315301 - 309
28LEULEUASNASN(chain B and (resid 7 through 88 or resid 95...BA348 - 354342 - 348
29SERSERILEILE(chain B and (resid 7 through 88 or resid 95...BA356 - 400350 - 394
210PROPROPROPRO(chain B and (resid 7 through 88 or resid 95...BA402396
211GLYGLYHISHIS(chain B and (resid 7 through 88 or resid 95...BA404 - 430398 - 424

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要素

#1: タンパク質 LtpM1


分子量: 48438.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
遺伝子: D1H98_02725 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3A6VV34
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.44 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.4, 0.1 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→50 Å / Num. obs: 19903 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 73.36 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 3.04→3.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.466 / Num. unique obs: 1830 / CC1/2: 0.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Alphafold

解像度: 3.04→28.29 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 34.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3014 1988 10 %
Rwork0.2573 17890 -
obs0.2618 19878 95.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.72 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.04→28.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6061 0 50 0 6111
Biso mean--62.17 --
残基数----757
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2060X-RAY DIFFRACTION12.34TORSIONAL
12B2060X-RAY DIFFRACTION12.34TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.04-3.120.28891250.26771125125084
3.12-3.20.37041440.29531299144399
3.2-3.30.35311490.31821330147999
3.3-3.40.36751500.28981351150199
3.4-3.520.33951410.28451275141697
3.52-3.660.34311440.2921294143897
3.66-3.830.35551470.27251320146798
3.83-4.030.32291420.26931281142397
4.03-4.280.31331410.23441275141696
4.28-4.610.29041440.2481284142896
4.61-5.070.29051360.2351230136693
5.07-5.80.27281440.25511291143596
5.8-7.290.28651460.26941311145798
7.29-28.290.23911350.2191224135992

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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