PDB-8xgl: Structure of the Magnaporthe oryzae effector NIS1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xgl

タイトル

Structure of the Magnaporthe oryzae effector NIS1

要素

Necrosis-inducing secreted protein 1

キーワード

PROTEIN BINDING / fungi / Magnaporthe oryzae / effector

機能・相同性

Nis1-like / Nis1 family / host cell cytoplasm / extracellular region / Necrosis-inducing secreted protein 1

機能・相同性情報

生物種

Pyricularia oryzae (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Han, R. / Wang, D. / Zhang, X. / Liu, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Understanding and manipulating the recognition of necrosis-inducing secreted protein 1 (NIS1) by BRI1-associated receptor kinase 1 (BAK1).
著者: Han, R. / Zhu, T. / Kong, Z. / Zhang, X. / Wang, D. / Liu, J.

履歴

登録	2023年12月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xgl.cif.gz	148.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xgl.ent.gz	119.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xgl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/8xgl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/8xgl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Necrosis-inducing secreted protein 1

B: Necrosis-inducing secreted protein 1

ヘテロ分子

28.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.800, 129.800, 79.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質

Necrosis-inducing secreted protein 1 / Secreted effector NIS1

分子量: 13762.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pyricularia oryzae (菌類) / 遺伝子: NIS1, MGG_02347
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G4MQL4

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.26 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M BIS-Tris (pH 6.5), 2.0 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→29.12 Å / Num. obs: 22307 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 8.3 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 11.42
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / Num. unique obs: 2237 / CC_1/2: 0.594

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.3→29.12 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 18.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1943	1043	4.68 %
R_work	0.1775	-	-
obs	0.1782	22301	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1801	0	67	91	1959

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.702
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.271	287
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	304
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	341

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.42	0.2515	190	0.2501	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.57	0.2272	194	0.2147	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.77	0.2503	108	0.2112	3084	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-3.05	0.2332	140	0.2101	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.49	0.2134	155	0.1882	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-4.39	0.1565	148	0.15	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-29.12	0.1682	108	0.1564	3074	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6519	-7.4029	-1.2532	9.459	0.475	4.8434	0.11	-0.1617	0.1788	0.0348	-0.1201	-0.1624	-0.1155	0.3322	0.1788	0.3823	-0.0444	0.0158	0.4696	0.0647	0.4561	-1.2511	29.4791	-1.7901
2	9.9224	-1.0024	-0.3838	5.7572	0.1702	2.8242	-0.1971	1.1941	0.5085	0.1686	0.0094	-0.5484	-1.0523	0.1409	0.252	0.5945	0.0406	-0.0235	0.3412	0.0704	0.405	-15.1719	49.753	-3.1603
3	4.4848	-4.997	3.1529	6.5084	-3.6762	3.564	0.0771	0.2598	0.0777	0.0398	-0.4595	-0.3767	-0.1313	0.6255	0.5004	0.361	-0.026	0.0122	0.4677	0.0557	0.456	-1.3746	31.0524	-2.7041
4	4.6985	-1.0061	0.8552	5.412	-0.9482	3.4717	0.0105	-0.2495	0.1104	0.2158	0.003	-0.2811	-0.5525	0.0283	-0.0349	0.3951	-0.0271	-0.0245	0.3815	0.0058	0.4105	-12.649	35.5301	7.1665
5	2.69	3.2344	-4.5486	4.6365	-5.5246	8.2678	-0.3456	-0.0399	-0.4909	-0.875	-0.2961	-1.0744	1.2173	1.06	0.6457	0.5428	0.1154	0.0684	0.5819	0.0329	0.724	-5.1274	27.3771	-8.0193
6	7.5814	-2.386	-2.0369	6.8618	1.0922	5.8083	-0.4136	-0.3757	0.172	0.5912	0.1438	0.2526	-0.2231	-0.4472	0.1245	0.5352	0.0588	-0.0363	0.3608	0.0187	0.377	-16.6119	43.8036	-1.6918
7	2.7401	-2.1372	-0.0948	7.7248	0.7175	3.312	0.038	-0.0302	0.1301	0.2112	-0.1581	-0.4166	-0.4235	0.1441	0.0732	0.3532	-0.0498	-0.0446	0.3436	-0.0087	0.3581	-8.8442	36.6083	5.7566
8	3.012	-5.3749	-2.0837	9.0766	4.4197	3.3752	-0.0004	0.0668	-0.4366	-0.6387	-0.2778	0.7016	-0.0064	-0.0955	0.2752	0.4237	-0.063	-0.0327	0.3795	-0.0333	0.5317	-22.1919	12.5747	5.4359
9	1.355	-1.7405	-0.9442	5.7228	1.2039	1.188	0.1133	0.1249	-0.066	-0.3236	-0.1894	-0.0743	-0.1344	-0.2493	0.1233	0.3525	0.011	-0.0213	0.3729	-0.0275	0.3895	-21.9357	19.411	7.2847
10	0.8591	-1.8886	0.689	7.3545	-1.0253	5.4807	0.1766	-0.3742	-0.2281	1.0991	0.6565	-0.2332	0.552	0.5663	-0.7365	0.7451	0.0339	-0.1053	0.5251	-0.0229	0.5528	-6.2292	12.8412	15.0071
11	9.5761	-5.3945	2.7691	9.4963	-2.1034	6.5283	0.0578	0.3475	-0.5913	-0.776	-0.2427	-0.6269	0.3241	0.1121	0.1174	0.4057	0.0032	0.0508	0.3521	-0.0292	0.3987	-12.6807	15.9335	-0.4423
12	8.3944	1.7898	-3.8164	5.483	2.2555	5.6681	-0.2432	0.5684	0.2527	-0.6568	0.2342	0.2823	0.0009	-1.1646	-0.0945	0.5217	0.121	-0.1677	0.5711	-0.008	0.5305	-26.2329	23.9379	-1.0563
13	3.1048	-1.8701	-0.845	8.0472	1.6834	1.3306	-0.0535	-0.0596	-0.3622	0.0763	-0.0504	-0.0127	0.1131	-0.0222	0.0803	0.3844	-0.0031	0.0336	0.3294	0.0166	0.3718	-16.0308	13.6736	5.0819
14	2.8125	0.8416	-0.0431	2.7249	0.9179	2.2327	-0.0513	-0.061	-0.4073	0.8654	-0.0487	0.5313	0.3778	0.0243	0.0052	0.3913	-0.0233	0.0095	0.3932	0.0591	0.4431	-15.0316	11.674	9.0053

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -3 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 32 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 45 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 46 through 77 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 78 through 91 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 92 through 105 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 106 through 137 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid -3 through 31 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 32 through 57 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 58 through 70 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 71 through 77 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 78 through 90 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 91 through 122 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 123 through 137 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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