PDB-8xg8: Crystal structure of phenylacetone monooxygenase mutant PM2 bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8xg8

タイトル

Crystal structure of phenylacetone monooxygenase mutant PM2 bound to FAD and NADP

要素

Phenylacetone monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Phenylacetone Monooxygenase / FAD-binding / NADPH-binding / Monomer

機能・相同性

機能・相同性情報

phenylacetone monooxygenase / phenylacetone monooxygenase activity / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermobifida fusca YX (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Li, X. / Sun, Z.T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of phenylacetone monooxygenase mutant PM2 bound to FAD and NADP
著者: Li, X. / Sun, Z.T.

履歴

登録	2023年12月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8xg8.cif.gz	234 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8xg8.ent.gz	184.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8xg8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8xg8_validation.pdf.gz	1007.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8xg8_full_validation.pdf.gz	1017.3 KB	表示
XML形式データ	8xg8_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	8xg8_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/8xg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/8xg8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylacetone monooxygenase

ヘテロ分子

63.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.853, 84.710, 91.714
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Phenylacetone monooxygenase / PAMO / Baeyer-Villiger monooxygenase / BVMO 分子量: 61956.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermobifida fusca YX (バクテリア) 遺伝子: pamO, Tfu_1490 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47PU3, phenylacetone monooxygenase

-
非ポリマー , 5種, 222分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH6.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 30% MPEG5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-Arc 150 / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→40.01 Å / Num. obs: 34399 / % possible obs: 94.58 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.97
反射シェル	解像度: 2.13→2.206 Å / Num. unique obs: 3067 / CC_1/2: 0.676

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.13→40.01 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2697	1726	5.02 %
R_work	0.2166	-	-
obs	0.2192	34383	94.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→40.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4162	0	120	216	4498

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4409
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.53	6015
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.977	596
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	634
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	772

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.13-2.19	0.3371	128	0.2834	2436	X-RAY DIFFRACTION	86
2.19-2.26	0.3518	125	0.2843	2488	X-RAY DIFFRACTION	87
2.26-2.34	0.3504	135	0.276	2505	X-RAY DIFFRACTION	89
2.34-2.44	0.3001	140	0.2647	2556	X-RAY DIFFRACTION	91
2.44-2.55	0.3401	132	0.2695	2634	X-RAY DIFFRACTION	92
2.55-2.68	0.2761	142	0.2606	2722	X-RAY DIFFRACTION	96
2.68-2.85	0.3388	150	0.2526	2834	X-RAY DIFFRACTION	99
2.85-3.07	0.3071	153	0.226	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.38	0.2512	154	0.2191	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.87	0.2595	148	0.188	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-4.87	0.2284	157	0.1678	2830	X-RAY DIFFRACTION	97
4.87-40.01	0.2108	162	0.186	3040	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2882	0.6822	-0.7986	1.0107	-0.9339	1.4724	-0.1236	0.2936	-0.1363	-0.0264	0.0345	0.062	0.1652	-0.3603	0.0161	0.1835	-0.0714	0.0593	0.2352	-0.0672	0.2506	-13.5543	20.8257	-24.5859
2	1.0385	0.6646	-0.1208	2.468	-0.0011	0.2704	0.156	-0.2098	-0.1214	0.5807	-0.1971	-0.1542	-0.0597	0.0636	0.0325	0.3533	-0.0841	0.0245	0.2336	-0.0042	0.204	-12.5498	10.5478	0.8863
3	1.6276	-0.0885	-0.4777	0.7488	0.1778	2.802	-0.0709	-0.0625	-0.2481	0.1531	-0.1228	-0.3497	0.208	0.2369	0.1759	0.2097	-0.0213	0.0723	0.1771	0.0396	0.3817	5.5534	18.7412	-22.7947

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 163 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 164 through 393 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 394 through 541 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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